標簽[factominer] - 堆棧內存溢出

[英]How do you filter out individuals on a figure after creating a PCA plot in Factoextra?

我是第一次接觸 R 的研究生。我正在嘗試從一系列身體測量中制作 PCA 圖，標本名稱和亞種標簽 (BIN) 位於單獨的列中。 BIN 列包含每個樣本的 BIN ID。我面臨的困難是過濾掉具有某些 BIN 的個人。我想要的輸出是生成一個與下面相同的 PCA 圖，但只顯示命名的 BIN（“ACZ ...

在 FactoMineR 中將組信息添加到 3d 圖

[英]Adding group information to 3d plot in FactoMineR

我的代碼這就是我正在運行的我的數據和元數據文件我得到的是這個這里有一件事是我不想將集群信息添加到我的圖表中，我寧願根據我的元數據信息來標記它，在我的情況下它是FAB ，它是我的元數據文件中的一列我希望看到這樣的東西，其中樣本是基於細胞系組進行注釋的。如何在我的繪圖功能中看不到任何 ...

在 R 中使用 factoextra 更改補充列的顏色

[英]Change colour of supplementary column using factoextra in R

我正在嘗試使用 package factoextra 中的fviz_ca_col()在對應分析中更改用於補充列的顏色，但是從默認col.col.sup col.col.sup = "darkred"更改顏色時我似乎沒有得到任何響應. 可重現的例子：生成的 plot 具有默認深紅色的補充列"Alte ...

geom_path 分組和按分類因子排序的路徑

[英]geom_path grouped and path ordered by categorical factor

我正在尋找一種解決方案，以根據設置為因子的定義順序對 geom_path 的路徑進行排序。我一直在使用前兩個 PCA 維度。使用library("factoextra")和library("FactoMineR")我用fviz_pca_ind()生成我的圖。數據按個人排列（由文本標簽顯示）。 ...

將權重數據應用於 MCA 函數

[英]apply the weight data to the MCA function

我有一個包含 25 個定性變量的數據集，第 26 個變量對應於分配給每個人的權重。我使用了FactoMiner包中的MCA函數，並考慮到權重我添加了選項row.w 。這是我的代碼：但是，添加row. w row. w選項給了我一條錯誤消息： in MCA(Vague5_ACM[, ...

使用 R 在 PCA 分析中使用權重列

[英]Using weight column in PCA analysis with R

我的數據文件中有一個對應於個人體重的列。數據看起來像當我使用以下命令時，它使用 WG 列作為活動變量，如下圖所示。另一方面，如果我使用我仍然在變量圖中看到 WG。我想在 PCA 分析中將其排除為活動變量。相反，我想將其用作每一行的權重。因此， P1.K1的權重為 1，而P2.K2 ...

FactomineR 中的 HCPC：如何計算集群中的個體？

[英]HCPC in FactomineR: How to count individuals in Clusters?

標題說明了一切。我在 FactomineR 中使用 factoshiny 進行了多重對應分析 (MCA)，然后進行了 HPCP。我現在在我的 2 個維度上有 3 個集群。雖然 factoshiny 界面確實有助於輕松可視化和導航分析，但我無法找到一種方法來計算集群中的個體。此外，我很想將集 ...

為什么 FactorMineR 中的 CA function 告訴我選擇了未定義的列？

[英]Why the CA function in FactorMineR tells me that undefined columns are selected?

我正在使用由 13 個變量組成的名為DataUniv的 dataframe。當我嘗試使用 FactoMineR 進行對應分析時：它給我發回了這個錯誤：我真的不明白為什么它會給我發回這種類型的錯誤，因為如果我運行這些列似乎是有效定義的：它返回了一些好東西... ...

R中kmeans中心的分層聚類

[英]Hierarchical clustering for centers of kmeans in R

我有一個巨大的數據集(200,000 rows * 40 columns) ，其中每一行代表一個觀察，每一列都是一個變量。對於這些數據，我想做hierarchical clustering 。不幸的是，由於行數很大，因此無法使用我的計算機執行此操作，因為我需要計算所有觀察值對的距離矩陣，所以(2 ...

MCA 使用 FactorMineR 庫在 R 中輸出多少個主成分？

[英]How many principal components does MCA outputs in R using FactorMineR library?

我不確定 R 中 FactoMineR 庫中的 MCA() function 的 output。例如我想要 10 個組件，所以我運行以下代碼： ncp（代表維數）是否給了我 10 個組件？ ...

使用 fviz_pca 在 Biplot 上添加圓圈以將具有第二個因素的個人分組

[英]Add circles to group individuals with a second factor on a Biplot using fviz_pca

謝謝你讀我。我是 R 的新手，所以我迷路了：如何在使用 fviz_pca 制作的雙圖上添加由第二個因素定義的組圓？我有這張表，想應用 PCA 來獲得一個雙標圖，其中個人按“UsoReg”（土地使用）因素分類（着色）（直到這里都很好），但我也想添加圓圈（或一些橢圓形）用第二個因素包圍（組）個人，根 ...