R package `factoextra`中，使用`get_dist`可以計算變量間的距離，如何將結果轉換成data.frame格式
[英]In R package `factoextra` , using `get_dist`can calculate distance between variables,how to change the result into data.frame format
在 R package factoextra ，使用get_dist可以計算變量之間的距離，如何將結果轉換成data.frame 格式？ 謝謝！ 下面的代碼返回cannot coerce class '"dist"' to a data.frame ...
factoextra 變量繪圖和標記子集
[英]factoextra variable plotting and labeling subset
我在 R 中使用 prcomp 運行了 PCA，我正在嘗試生成一個變量 plot，它具有 1) 變量（箭頭）的子集，顏色（黑色）與變量的 rest 不同，2）對這些變量進行排序在繪圖之前，黑色箭頭不會被任何其他箭頭覆蓋，以及 3) label 黑色箭頭及其 TUXXXX 編號。 這是我的數據的截斷版 ...
在 Factoextra 中創建 PCA 圖后，如何過濾掉圖中的個人？
[英]How do you filter out individuals on a figure after creating a PCA plot in Factoextra?
我是第一次接觸 R 的研究生。 我正在嘗試從一系列身體測量中制作 PCA 圖，標本名稱和亞種標簽 (BIN) 位於單獨的列中。 BIN 列包含每個樣本的 BIN ID。 我面臨的困難是過濾掉具有某些 BIN 的個人。 我想要的輸出是生成一個與下面相同的 PCA 圖，但只顯示命名的 BIN（“ACZ ...
如何在 R 的 PCA 空間中突出顯示特定變量或個體
[英]How to highlight a particular variable or individual in a PCA space in R
我目前正在研究一個大型數據集（計數數據與物種 x 樣本），我從中執行了 PCA。 我得到的是一大片點雲，我想給一個給定的物種着色以顯示它在這個雲中的位置（物種是我的變量）。 這是它的樣子： 我使用包 factoextra，並使用 fviz_pca_var 可視化變量。 有沒有辦法選擇一個特定的 ...
Rstudio 錯誤與 fviz_nbclust() function
[英]Rstudio error with the fviz_nbclust() function
我正在為數據分析和統計學習主題做報告。 問題在於聚類階段。 我必須找到最佳的集群數量，而且我已經做到了。 但是，當我嘗試使用以下 function 顯示圖表時，它給了我一個錯誤： if (class(best_nc) == "numeric") print(best_nc) else if (c ...
在樹狀圖中旋轉標簽 object 並更改默認樹狀圖顏色 (R)
[英]Rotating labels within a dendrogram object and changing the default dendrogram colour (R)
我希望完成兩件事。 我希望能夠旋轉標簽。 fviz_dend function 與ggplot2 theme function 兼容，但我不完全確定如何實現它。 我想更改樹狀圖的線條顏色 - 特別是那些不屬於聚類的線條顏色。 我想把黑色改成白色。 知道如何在這個代表上完成它嗎？df <- ...
在 R 中使用 factoextra 更改補充列的顏色
[英]Change colour of supplementary column using factoextra in R
我正在嘗試使用 package factoextra 中的fviz_ca_col()在對應分析中更改用於補充列的顏色，但是從默認col.col.sup col.col.sup = "darkred"更改顏色時我似乎沒有得到任何響應. 可重現的例子： 生成的 plot 具有默認深紅色的補充列"Alte ...
fviz_cluster 圖中的值與數據集的數據點不對應
[英]The values in a fviz_cluster figure do not correspond with the datapoints of the dataset
我已經為帶有 fviz_cluster 的集群散布 plot 編寫了以下腳本。 根據 plot，x 有負值，y 有負值。 根據 head(dots.Mclust) （以及我的徹底分析），沒有負值。 這種差異從何而來？ fviz(cluster) 如何更改 plot 上的值？ 是否進行了一些標准化 ...
轉換為對數刻度時的警告，產生了很多 NaN
[英]Warnings when transforming to logarithmic scale, a lot of NaNs produced
幾周以來，我使用以下腳本生成了一個散點圖，其中包含大約 10,000 個（非零，正）數據點。 由於轉換的警告，只有少數 (<20) 個數據點未包括在內。 從這周開始，我想做一些基於模型的聚類。 我編寫的腳本（見下文）使用相同的數據集（10,000 個非零的正數據點），但由於以下原因而遺漏了 ...
去除 PCA 中橢圓的內部顏色
[英]Removing the inner color of the ellipse in PCA
有誰知道如何更改橢圓中顏色的透明度（或 alpha）？ 我只想保留 plot 中的邊界線。 我試圖模仿這個站點中的代碼： http://www.sthda.com/english/wiki/fviz-pca-quick-principal-component-analysis-data-visual ...
我如何 label 僅是雙圖中的點子集？
[英]How do I label only a subset of points in a biplot?
我在 factoextra 中使用 fviz_pca_biplot 生成雙圖。 以下代碼提供了我的數據集和雙圖的示例。 我想 label 點的一個子集，而不是全部。 例如，只有單一屬的物種，如桉樹。 我無法弄清楚如何，或者即使它是可能的。 任何人都可以提出解決方案嗎？ ...
如何在 pca biplot 中顯示觀察結果？
[英]How to display observations in pca biplot?
我希望使用 factoextra 包在主成分分析雙圖上顯示觀察行名稱。 ) 提前致謝 ...
用兩個變量標記 R 中的 biplot？
[英]biplot in R labeling by two variables?
你好，我有一個多元數據集 我對縮放數據執行了 PCA，並使用fviz_pca_biplot()函數來顯示雙標圖。 這是我所做的一個例子： （以 mtcars 為例） “mpg”“cyl”“disp”“hp”“drat”“wt”“qsec”“vs”“am”“gear”“carb” ...
如何從我的數據框中向 PCA 圖添加標簽
[英]How add labels to the PCA plot from my dataframe
我有一個數據集並想運行 PCA 圖。 在此圖中，觀測值應根據name列 ( habillage = a$name ) 以相同顏色分組。 此外，我希望單個觀察顯示它在Age方面對應於哪個組。 我發現label = "none"沒有顯示它，但如果我寫label = a$Age沒有任何變化。 最后，如 ...
在 fviz_pca_biplot 中為 var 和 ind 指定不同的點形狀
[英]Specify different pointshapes for var and ind in fviz_pca_biplot
有沒有辦法在 R 包 FactoExtra 中為fviz_pca_biplot()變量指定形狀？ 例如，我有以下代碼： 但它使var和ind的形狀相同，我希望var的形狀不同（形狀 15）。 當 geom.var = c("point", "text") 設置為 point 時，參數“poin ...
向集群添加標簽
[英]Adding labels to Cluster
我是 R 的新手，正在嘗試根據行業對一些數據進行聚類。 我了解到 K 均值無法處理因子和分類數據。 我已經從我的數據集中刪除了名為“工業”的因素——67 個不同的觀察結果，但希望在模型完成后為每個觀察結果分配一個標簽。 本質上，我希望我的最終結果看起來像樣本美國犯罪數據集。 任何幫助將不勝感激。 ...
如何從 fviz_dist 中生成的有序相異圖像中獲取矩陣？
[英]How to obtain the matrix from the ordered dissimilarity image generated in fviz_dist?
我試圖獲得與該函數產生的ggplot基質（有序相異矩陣） fviz_dist從factoextra包。 從我的原始數據中，我使用 dis.cor 生成了一個距離相關矩陣（我需要使用 spearman 相關系數），如下所示： 但是這個矩陣沒有排序，所以你不能可視化集群。 然后，使用函數 fvi ...
R - DBSCAN fviz_cluster - 使用dim1 和dim2 獲取元素的坐標
[英]R - DBSCAN fviz_cluster - get coordinates of elements with dim1 and dim2
我是 R 的菜鳥，我正在嘗試對一些數據樣本進行聚類。 我試過 PCA， 我可以使用新坐標獲取完整的元素列表 這很棒，非常適合使用帶有 PCA 的第 2 個軸的信息，我在一個軸上有 80% 的可變性，在第二個軸上有 10% 以上的可變性。 考慮到我有 30 個變量，我對結果感到非常自豪……最后 ...
PCA分析去除質心
[英]PCA analysis remove centroid
我正在使用fviz_pca_ind來制作 PCA plot 見下文。 我想刪除質心但保留不同的 colors 和我用habillage=iris$Species得到的橢圓。 col.ind需要一個向量，其元素數等於行數。 ...
PCA 雙標組個體
[英]PCA biplot group individuals
我的數據中有很多人（n = 600）。 我運行 PCA 並想創建一個變量和個體的雙圖。 我想要根據他們的貢獻着色的變量。 這些人來自兩組，我想根據兩組對點進行着色。 我附上一個小例子。 問題; 如何將行名稱 SEBRLE 和 NOOL 着色為紅色，其余為黑色 將所有行名分配給 2 個因素 ...