在 FactoMineR 中將組信息添加到 3d 圖

Question

我的代碼這就是我正在運行的

library(FactoMineR); library(factoextra)

res.pca <- PCA(t(data),ncp = 10, graph = FALSE)

res.hcpc <- HCPC(res.pca, graph = FALSE)

fviz_dend(res.hcpc, 
          cex = 0.7,                     # Label size
          palette = "jco",               # Color palette see ?ggpubr::ggpar
          rect = TRUE, rect_fill = TRUE, # Add rectangle around groups
          rect_border = "jco",           # Rectangle color
          labels_track_height = 0.8      # Augment the room for labels
)

tiff("plot.tiff",width=3000,height=1856,res=600)
plot(res.hcpc, choice = "3D.map",ind.names=TRUE,cex.axis=3.5,cex.symbols=3.5,xlab="",ylab="")
dev.off()

我的數據和元數據文件

我得到的是這個

這里有一件事是我不想將集群信息添加到我的圖表中，我寧願根據我的元數據信息來標記它，在我的情況下它是FAB ，它是我的元數據文件中的一列

我希望看到這樣的東西，其中樣本是基於細胞系組進行注釋的。

如何在我的繪圖功能中看不到任何選項來添加相同的

任何建議或幫助將不勝感激

Answer 1

這是一個玩具示例，說明如何繪制 3D 地圖以對主成分 (HCPC) 進行層次聚類。

1. 添加所需的單個標簽作為行名

library(FactoMineR)

iris <- data(iris)
rownames(iris) <- sprintf("A%03d", 1:150)
head(iris)

     Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
A001          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
A002          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
A003          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
A004          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa
A005          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa
A006          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa

2. 運行 PCA、HCPC 和繪圖。

res.pca <- PCA(iris[,1:4], graph=FALSE)
hc <- HCPC(res.pca, nb.clust=-1)

plot(hc, choice="3D.map", angle=60)

更新 #1：通過調整 HCPC 調用對象的集群級別，設法更改 plot.HCPC 的 2D 因子圖的標簽

#before changes
plot(hc, choice="map")

levels(hc$call$X$clust) <- c("setosa", "versicolor", "virginica")
plot(hc, choice="map")

注意：我已將行名更改為物種名稱（加上行號）以幫助識別分組。 添加參數ind.names=FALSE將刪除圖中的單個標簽。 另請注意，圖例中默認存在“集群”一詞。

更新 #2：找到plot.HCPC的源代碼。

請注意，圖例行為在第 54 行和第 55 行定義：

for(i in 1:nb.clust) leg=c(leg, paste("cluster",levs[i]," ", sep=" "))
legend("topleft", leg, text.col=as.numeric(levels(X$clust)),cex=0.8)

這意味着，根據設計，圖例將采用創建的集群數量，並將圖例插入到圖的左上角，如“集群 1”、“集群 2”等。

您可能想要分叉 repo，並重新調整代碼的用途。