使用 fviz_pca 在 Biplot 上添加圓圈以將具有第二個因素的個人分組

Question

謝謝你讀我。 我是 R 的新手，所以我迷路了：如何在使用 fviz_pca 制作的雙圖上添加由第二個因素定義的組圓？ 我有這張表，想應用 PCA 來獲得一個雙標圖，其中個人按“UsoReg”（土地使用）因素分類（着色）（直到這里都很好），但我也想添加圓圈（或一些橢圓形）用第二個因素包圍（組）個人，根據“Estacion”（一年中的季節）列命名，但我不知道該怎么做。 那么，如何在使用 FactoMiner 制作的 Biplot 上添加圓圈以通過第二個因素包圍（分組）個人？ （第一個因素是“UsoReg”，通過fill.ind function 着色，第二個因素是“Estacion”，我不知道如何用 plot 圈子根據他們的“Estacion”類對個人進行分組/封閉）。 我想在 3 個不同的土地利用類別（CoigueIX、MixtaIX、AgricolaIX）上可視化 3 個不同的季節（Estacion:Otono、Invierno、Primavera），謝謝。 我使用以下代碼：

PCA_PQ<-function(X){
pca.m<-prcomp(X, scale=TRUE)
contrib_rpca.m<-pca.m$rotation
c_pca.m<-pca.m$center
s_pca.m<-pca.m$scale}
scale(X,center=c_pca.m,scale=s_pca.m)
ev_pca.m<-get_eig(pca.m)
Biplot_pca.m<-fviz_pca_biplot(pca.m,
geom.ind="point",
fill.ind=IX_comp$UsoReg,
col.ind="cos2",
pointshape=21,pointsize=2,
mean.point=FALSE,
alpha.var="contrib",col.var="contrib",
gradient.cols=c("#00AFBB","#E7B800","#FC4E07"),
labelsize=5,
repel=TRUE,
xlab="PC 1",
ylab="PC 2")+
labs(fill="Uso", color="Contrib",alpha="Contrib")+
ggpubr::fill_palette(c("green","yellow","red"))+
theme(text=element_text(size=9),
axis.title=element_text(size=15),
axis.text=element_text(size=12))
plot(Biplot_pca.m)}

跑

PCA_PQ(IX_comp[,c(4,6:14)]

返回

謝謝！

Answer 1

在查看並嘗試了不同的選項后，我發現添加

ggplot2::stat_ellipse(aes(group=IX_comp$Estacion))

對於上面的腳本，我得到了我想要的東西 ,

但現在我需要更改 plot 中打印的橢圓的一些參數，並將它們的標簽添加到圖例中。

我想讓橢圓的邊框變薄，根據它們的因子分類（在IX_comp$Estacion中）為它們設置不同的 colors 並將它們的名稱和 colors 添加到圖例中。

感謝您的幫助和關注！