-c：第0行：意外令牌'（'附近的语法错误

Question

我有一个PYTHON脚本，它接受输入文件并提供输出文件。 输入文件和输出文件的名称分别为sys.argv [1]和[2]，如下所示：

myscript.py input.file output.file

不幸的是，输入文件需要进行预处理以适应脚本的要求。 我可以预处理原始文件并转换成可接受的格式。 预处理步骤如下：

awk 'NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' filename.fastq > filename.fa

但是，有1000多个这样的文件，为了节省一些存储空间，我希望脚本通过流程替换来获取预处理的数据，并且我在这里找到了解决方案： https : //superuser.com/questions/1070265/如何对管AWK-命令输出到蟒-AS-第一参数的

因此，以下工作完全正常：

myscript.py <(awk 'NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq) output_processed.fa

但是，正如我提到的，我有1000个这样的文件，并且我编写了一个python脚本来遍历所有文件，然后将上述命令嵌套在os.system中，如下所示

os.system("myscript.py <(awk 'NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq) output_processed.fa")

但是，这一次，当我运行脚本时，出现以下错误：

sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `('
sh: -c: line 0: `myscript.py <(awk 'NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq) output_processed.fa'

我可以找到相同错误的很多答案，但是没有一个对我有用。 我下面尝试了一些链接：

https://askubuntu.com/questions/348942/why-does-my-python-script-fail-with-syntax-errors

https://askubuntu.com/questions/656425/syntax-error-near-unexpected-token?rq=1

https://askubuntu.com/questions/656425/syntax-error-near-unexpected-token

https://askubuntu.com/questions/372926/bash-syntax-error-near-unexpected-token

当我使用上述解决方案时，出现停产错误

我从这里知道“（”是错误的语法： bash：意外标记'（'附近的语法错误

然后我尝试使用“ /”，然后出现以下错误：

 IOError: [Errno 2] No such file or directory: '/<(awk NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0} input.fastq)

您能为我提出解决方案吗？

Answer 1

明确使用bash替代流程

os.system("bash -c \"myscript.py <(awk -v gt='>' 'NR % 4 == 1 {print gt $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq) output_processed.fa\"")

我将">"字符串从awk主体中移出，以减少嵌套引号的数量。

或使用默认的/ bin / sh并将awk输出写入临时文件。

os.system("awk 'NR % 4 == 1 {print \">\" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq > temp && myscript.py temp output_processed.fa; rm -f temp")

如果您控制myscript.py ，允许它接受stdin上的数据而不是文件名，则可以编写

os.system("awk '...' input.fastq | myscript.py output_processed.fa")