由于缺少GSL，GN程序包构建在Unix机器上失败 - GNU Scientific Library

Question

我正面临着R包开发的一个特别棘手的问题。 我自己的包，称为ggstatsplot （ https://github.com/IndrajeetPatil/ggstatsplot ），取决于userfriendlyscience ，这依赖于其他软件包叫做MBESS ，这本身最终取决于另一个叫包gsl 。 在Windows机器上安装ggstatsplot没有任何问题（由AppVeyor持续集成平台评估： https ： AppVeyor ）。

但每当包被在Unix机器上安装，它抛出的错误ggstatsplot不能下载，因为userfriendlyscience和MBESS不能下载，因为gsl不能下载。 Travis持续集成平台与虚拟Unix机器也发生了同样的事情，其中​​包构建失败（ https://travis-ci.org/IndrajeetPatil/ggstatsplot ）。

现在，在Unix机器上为用户解决这个问题的一种方法是配置GSL（如下所述： 在Mac上安装R gsl包 ），但我不可能指望ggstatsplot每个用户都要经历艰难的配置过程GSL 。 我希望他们只运行install.packages("ggstatsplot")并完成它。

所以我真的很感激，如果有人能提供任何有用的建议，我可以通过从源头上删除这个问题来简化我的包用户的生活。 我是否应该在软件包本身中包含哪些内容来代表用户处理此问题？

Answer 1

通过更改您的R包可能没有令人满意的解决方案（我不确定哪种方式）。 如果gsl包作者（包括一个前R Core成员）没有配置它以避免pre-req安装linux包，那么可能有一个很好的理由不这样做。

但是，大多数R + Linux用户都知道某些R软件包首先需要安装底层Linux库（ 例如 ，通过apt或dnf / yum ），这可能是一些安慰。

主要问题：使用户可以轻松安装

尝试在GitHub自述文件和CRAN INSTALL文件中超级清楚。 gsl包具有不错的CRAN方向 。 这导致以下bash代码：

sudo apt-get install libgsl0-dev

我见过的clear（linux pre-req包）文档的最好例子来自curl和sf包。 sf的CRAN页面仅列出了3个库的人名，但GitHub页面为三个主要的分发分支提供了准确的bash命令。 卷曲包也很好地完成了这一点（例如， CRAN和GitHub ）。 例如，它提供以下说明和bash代码：

在Linux上从源代码安装需要libcurl 。 在Debian或Ubuntu上使用libcurl4-openssl-dev ：

sudo apt-get install -y libcurl-dev

理想情况下，您的文档将描述如何在多个发行版上安装gsl linux软件包。

免责声明：我从未开发过直接需要Linux软件包的软件包，但我经常使用它们。 如果有更多的例子可以帮助， 这个文档包括我用来在新的Ubuntu机器上安装东西的脚本。 一些命令在包文档中明确说明; 有些人很少或没有文件，需要研究。

编辑2018-04-07 ：我遇到了我最喜欢的新例子： sys包使用配置文件在R控制台中生成以下消息。 在新计算机上安装100多个软件包时，很高兴看到这个直接消息，而不必追踪R软件包及其依赖项的文档。

在Debian / Ubuntu上，这个包需要AppArmor。

请运行：sudo apt-get install libapparmor-dev

另一个好的是pdftools ，它也使用配置文件（也由Jeroen Ooms开发）。

次要问题：在Travis上安装

用户友好的travis配置文件显然直接安装了很多二进制文件（包括gsl ），这与当前的ggstatsplot版本不同 。

或者，我更熟悉告诉travis安装linux软件包，如curl的配置文件所示 。 作为奖励，这可能更接近复制典型用户在自己的机器上所做的事情。

addons:
  apt:
    packages:
    - libcurl4-openssl-dev

跟进 2018-03-13 Indrajeet，我调整了travis文件，以便它正常工作。 在yaml文件中更改了两个部分 ：

1. libgsl0-dev条目添加在packages部分下（类似于上面的libcurl4-openssl-dev条目）。
2. 软件包列在r_binary_packages部分中，因此它们作为二进制文件安装。 构建在50分钟后超时，现在不到10分钟。 在这个特定的包中， r_binary_packages部分嵌套在Travis矩阵的Linux部分中，因此它不会干扰他在Travis上的两个OS X作业。