在Mac OS X上将GNU Scientific Library链接到R.

Question

我一直在使用C语言编写的程序上工作一段时间，该程序使用GSL中的函数运行MCMC。 我已经阅读了很多GNU文档和编写R扩展，并且我已经阅读了很多关于使用RcppGSL的内容，但在我看来，在C中编写更容易，然后将函数动态加载到R.我已经看到了许多来源描述了如何在Windows上构建函数，但我在如何在基于Unix的系统上使用它的所有内容都是它“相对简单”和“简单”但是我无法使它工作。

我渴望上班的C剧本很容易。 它只是采用一个具有给定行数和列数的数组，将其转换为gsl_matrix，然后将其转换回数组（这基本上是我的程序所做的，除了整个更改条目的内容）。 C脚本是

#include <R.h>
#include <stdio.h>
#include <gsl/gsl_linalg.h>

void simple( int *n, int *rows, int *cols)
{
  int r,c;
  int Cols = *cols; //This step, and the step below it are unnecessary except for readability
  int Rows = *rows;
  gsl_matrix * m = gsl_matrix_alloc (Rows, Cols); // Declares a gsl_matrix m of size Rows x Cols

  for( r = 0; r< Rows; r++)
    for (c=0; c< Cols; c++)
      gsl_matrix_set(m,r,c, *(n+sizeof(int)*(Cols*r+c))); // The array is organized by rows, sets matrix values

  for( r=0; r< Rows; r++)
    for (c=0; c < Cols; c++)
      *(n+sizeof(int)*(Cols*r+c))=gsl_matrix_get(m,r,c); // This return matrix values to the array (should be the same as before)
}

我所做的是确保我的终端（Mac OS X）和R共享与simple.c保存到的目录相同的目录。 我编译上面的输入

R CMD SHLIB simple.c

进入我的终端创建相应的simple.so文件，也保存到桌面。 然后在R我能做到

dyn.load("simple.so")

这是我收到错误的地方

Symbol not found: _gsl_matrix_alloc 
Expected in: flat namespace

我对此错误感到困惑，因为好像编译器识别出make文件< gsl/gsl_linalg.h >所以我认为它不能识别该函数的原因是因为R没有连接到库，但我有不知道如何解决这个问题。

此时，如果函数都是可识别的，那么我可以在R中执行该函数

x=.C("simple", c(as.integer(c(1,4,7,2,5,8,3,6,9)),as.integer(3),as.integer(3)))

如果我的函数动态正确加载它会工作，我会回到X完全放入我作为.C的第二个输入

任何洞察都会非常有用，无论是否有人将GSL库成功链接到Mac OS X上的R可能会给我留言或评论会非常感激。 我在帮助论坛上唯一能找到的是它“直截了当”或“相对简单”，但我不知道该怎么办！ 请帮忙！

Answer 1

您需要指定gsl函数的位置：

R CMD SHLIB simple.c -lgsl -lgslcblas