R：使用xtabs创建对称矩阵

Question

我有三种型号：M1，M2和M3。 我成对比较模型并得到分数。 我只做单向比较。 M1和M2相同，但不是M2和M1。 我想将它们转换为一个symmetrix矩阵。

我能够使用xtabs将数据集转换为矩阵，但是它没有M1-M1和M3-M3距离。

d <- data.frame(M1 = c("M1", "M1", "M1", "M2", "M2", "M3"),
            M2 = c("M2", "M3", "M4", "M3", "M4", "M4"),
            C = c(1, 1, 4, 2, 2, 6))

dm = xtabs(C~M1+M2, data=d)


> d
  M1 M2 C
1 M1 M2 1
2 M1 M3 1
3 M1 M4 4
4 M2 M3 2
5 M2 M4 2
6 M3 M4 6
> dm
    M2
M1   M2 M3 M4
  M1  1  1  4
  M2  0  2  2
  M3  0  0  6

我尝试将上面的三角形复制到下面的三角形，但由于它不是对称矩阵，因此无法正常工作。 我想知道如何包括M1-M1和M3-M3距离并使其成为对称矩阵。 即使距离为0，当我尝试将矩阵转换为dist（）对象时，也会出现问题吗？

> dm[lower.tri(dm)] <- t(dm)[lower.tri(dm)]
> dm
    M2
M1   M2 M3 M4
  M1  1  1  4
  M2  1  2  2
  M3  4  2  6

Answer 1

添加其转置。 那给了对角线两次，所以减去它。

dm + t(dm) - diag(diag(dm))

赠送：

    M2
M1   M2 M3 M4
  M1  1  1  4
  M2  1  2  2
  M3  4  2  6

如果我们知道所有元素都是非负数，那么这也将起作用：

pmax(dm, t(dm))

Answer 2

为了获得对称矩阵，您可能希望在每个维度上设置相同的级别（M1至M4）：

一种方法是将变量设置为具有相同因子水平集的因子。

d[c("M1", "M2")] <- lapply(d[c("M1", "M2")], factor, levels=unique(unlist(d[c("M1", "M2")]))) 

然后，您可以像以前一样使用xtabs ，并将结果添加到结果的转置中。

dm <- xtabs(C ~ M1 + M2, data=d)

dm + t(dm)

#    M2
#M1   M1 M2 M3 M4
#  M1  0  1  1  4
#  M2  1  0  2  2
#  M3  1  2  0  6
#  M4  4  2  6  0