在 R 中安装“RcppArmadillo”包时出错

Question

我使用的是 macOS High Sierra 版本 10.13.4。 在安装“RcppArmadillo”包时，我收到以下两条警告消息：

   checking whether /usr/local/clang6/bin/clang++ -Wall accepts -g... (cached) yes
   checking whether g++ version is sufficient... almost
   configure: WARNING: Compiler self-identifies as being compliant with GNUC extensions but is not g++.
   checking for macOS... found
   checking for macOS Apple compiler... not found
   checking for clang compiler... found
   checking for OpenMP compatible version of clang... found and suitable
   checking LAPACK_LIBS... R-supplied partial LAPACK found
   configure: WARNING: Some complex-valued LAPACK functions may not be available

当我在终端上输入“gcc --version”时，我得到

 Configured with: --prefix=/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.2.1
 Apple LLVM version 9.1.0 (clang-902.0.39.2)
 Target: x86_64-apple-darwin17.5.0
 Thread model: posix
 InstalledDir: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin

我在 R 中的 Makevars 文件看起来像：

FLIBS=-L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin16/6.3.0 -L/usr/local/gfortran/lib -lgfortran -lquadmath -lm
F77 = /usr/local/bin/gfortran
FC = $F77
CXX =  /usr/local/clang6/bin/clang++  -Wall
LDFLAGS=-L/usr/local/clang6/lib
CC=  /usr/local/clang6/bin/clang
SHLIB_CXXLD=ccache /usr/local/clang6/bin/clang++
CXX11 =  /usr/local/clang6/bin/clang++
CXX98 =  /usr/local/clang6/bin/clang++
CXX14 =  /usr/local/clang6/bin/clang++

如何去除这两个警告标志？

Answer 1

简而言之，这些是警告而不是错误。 此外，这些警告并不重要。

---

让我们来谈谈每个警告的含义......

第一次警告

配置：警告：编译器自我识别为与 GNUC 扩展兼容，但不是 g++。

这说明在Makevars文件的CXX变量中定义的编译器识别为gcc但不是gcc编译器。 本质上，每个编译器都有自己的预定义头文件，请参阅第 3.7.2 节C 预处理器的通用预定义宏，该检查的重点是验证是否选择了现代gcc编译器。 但是，如果编译器对它的身份撒谎，则很难检查编译器是否存在。

有关来源的详细信息，请参阅问题在g++version check #183 之后在配置中添加检查消息成功并在 g++ 测试上提交默认消息中的讨论）。

第二次警告

配置：警告：某些复数值 LAPACK 函数可能不可用

在这个警告中，有人抱怨底层的线性代数包与R附带的相同。 不幸的是， R附带的 LAPACK受到严重限制并且有点过时。 因此，此处的检查希望通过 OpenBLAS、Intel MKL 或 ATLAS 存在外部LAPACK。 由于此检查的结构方式，除非您从源代码编译R——即您选择不使用 CRAN 提供的二进制文件——否则无法避免打嗝。

简而言之，CRAN 二进制文件在特定位置查找 LAPACK。 切换到另一个 LAPACK 将需要建立到现有 lRlapack 位置的符号链接，这是检查搜索的内容。 但是，不建议进行这样的符号链接。 （对不起 vecLib 爱好者！）

如果您对从源代码编译感兴趣，请考虑查看R 安装和管理的A.3 线性代数部分，其中描述了使用外部 LAPACK 的过程。