R-列出因子2的水平超过2的因子1的水平

Question

我有一个基于博物馆藏品的物种分布数据集。 我要做的是列出已收集了2种以上（因子）的收集镇（因子）。

谢谢！

Answer 1

从三个城市生成30个观测值和20种（标记为易于生成的数字）

df <- data.frame( city=as.factor( rep(c('NY', 'CH', 'LA'),10) ),
                  species=as.factor( sample(1:20, 30, replace=T) )
                ) 

偷看数据

table(df$city, df$species)

使用plyr ：

使用plyr软件包中的ddply对每个城市中物种的观测值进行计数，并使用多个观测值返回观测值

ddply(df, .(city), .fun=function(x){
  counts <- count(x$species)
  counts[counts$freq > 1,]
})

导致

  city  x freq
1   CH 10    3
2   CH 12    2
3   LA  9    2
4   NY  1    2
5   NY 13    3

其中x是物种，而freq是城市中该物种的观测数目。

使用dplyr ：

df %>% 
  group_by(city) %>% 
  select(species) %>% 
  count() %>% 
  filter(freq>1)