如何通过使用R将每个文件的数据添加为附加行来将不同的.csv文件组合为一个完整文件？

Question

我有几个不同的文件夹，每个文件夹都包含一个.csv文件。 所有这些.csv文件都有一列，其中包含一项实验条件的数据。 我想合并这些.csv文件，使每个文件的数据都添加为新列。

目前，它看起来像这样：

C1.csv
102
106
152
196
223
486
553

C2.csv
296
299
843
1033
1996

但是，它希望有一个单个.csv文件，其中所有单独的文件都复制到包含源文件名称的新列中，例如：

C1     C2     ...    Cn
102    296    ...    ...
106    299    ...
152    843    ...
196    1033   ...
223    1996   ...
486           ...
553           ...

到目前为止，我的代码如下：

myFiles = list.files(path = ".", recursive = TRUE, pattern = ".csv", full.names = TRUE)
data <- lapply(myFiles, read.table, sep="\t", header=FALSE)
Max <- max(sapply(data, length))
data <- lapply(data, function(x) c(x, rep(NA, Max - length(x))))
data <- do.call(cbind, data)
names(data) <- sub("^[^[:alnum:]]*([[:alnum:]]+)\\.csv$", "\\1", myFiles)

write.csv(data, "outfile.csv")

它产生了一个看起来像这样的文档，而不是将每个.csv文件的数据添加到新列中：

在此处输入图片说明

Answer 1

这是你想要的吗？
请注意，我使用scan读取了文件。 由于文件只有一列，因此不需要像read.csv这样的复杂功能。

myFiles <- list.files(path = ".", pattern = "^C.*\\.csv", full.names = TRUE, recursive = TRUE)
data <- lapply(myFiles, scan)
Max <- max(sapply(data, length))
data <- lapply(data, function(x) c(x, rep(NA, Max - length(x))))
data <- do.call(cbind, data)
names(data) <- sub("^[^[:alnum:]]*([[:alnum:]]+)\\.csv$", "\\1", myFiles)

write.csv(data, "outfile.csv")

"outfile.csv"的内容是

"","V1","V2"
"1",102,296
"2",106,299
"3",152,843
"4",196,1033
"5",223,1996
"6",486,NA
"7",553,NA

Answer 2

可以使用列表中的read.table读取所有文件。 使用dplyr::bind_rows合并所有数据。 然后，使用reshape2::dcast扩展具有每个文件数据列的宽格式数据。

# Get list of files in directory
fileList <- list.files(".", "*.csv", full.names = TRUE)

# Read file data. This will generate a list containing dataframes
listData <- lapply(fileList, read.table)

# Name list using name of files
names(listData) <- gsub(".csv","",basename(fileList))

library(tidyverse)
library(reshape2)

bind_rows(listData, .id = "FileName") %>%
  group_by(FileName) %>%
  mutate(rowNum = row_number()) %>%
  dcast(rowNum~FileName, value.var = "V1") %>%
  select(-rowNum) %>%
  write.csv(file="Result.csv")

# Content of Result.csv
# "","C1","C2"
# "1",102,296
# "2",106,299
# "3",152,843
# "4",196,1033
# "5",223,1996
# "6",486,NA
# "7",553,NA