如何通過使用R將每個文件的數據添加為附加行來將不同的.csv文件組合為一個完整文件？

Question

我有幾個不同的文件夾，每個文件夾都包含一個.csv文件。 所有這些.csv文件都有一列，其中包含一項實驗條件的數據。 我想合並這些.csv文件，使每個文件的數據都添加為新列。

目前，它看起來像這樣：

C1.csv
102
106
152
196
223
486
553

C2.csv
296
299
843
1033
1996

但是，它希望有一個單個.csv文件，其中所有單獨的文件都復制到包含源文件名稱的新列中，例如：

C1     C2     ...    Cn
102    296    ...    ...
106    299    ...
152    843    ...
196    1033   ...
223    1996   ...
486           ...
553           ...

到目前為止，我的代碼如下：

myFiles = list.files(path = ".", recursive = TRUE, pattern = ".csv", full.names = TRUE)
data <- lapply(myFiles, read.table, sep="\t", header=FALSE)
Max <- max(sapply(data, length))
data <- lapply(data, function(x) c(x, rep(NA, Max - length(x))))
data <- do.call(cbind, data)
names(data) <- sub("^[^[:alnum:]]*([[:alnum:]]+)\\.csv$", "\\1", myFiles)

write.csv(data, "outfile.csv")

它產生了一個看起來像這樣的文檔，而不是將每個.csv文件的數據添加到新列中：

在此處輸入圖片說明

Answer 1

這是你想要的嗎？
請注意，我使用scan讀取了文件。 由於文件只有一列，因此不需要像read.csv這樣的復雜功能。

myFiles <- list.files(path = ".", pattern = "^C.*\\.csv", full.names = TRUE, recursive = TRUE)
data <- lapply(myFiles, scan)
Max <- max(sapply(data, length))
data <- lapply(data, function(x) c(x, rep(NA, Max - length(x))))
data <- do.call(cbind, data)
names(data) <- sub("^[^[:alnum:]]*([[:alnum:]]+)\\.csv$", "\\1", myFiles)

write.csv(data, "outfile.csv")

"outfile.csv"的內容是

"","V1","V2"
"1",102,296
"2",106,299
"3",152,843
"4",196,1033
"5",223,1996
"6",486,NA
"7",553,NA

Answer 2

可以使用列表中的read.table讀取所有文件。 使用dplyr::bind_rows合並所有數據。 然后，使用reshape2::dcast擴展具有每個文件數據列的寬格式數據。

# Get list of files in directory
fileList <- list.files(".", "*.csv", full.names = TRUE)

# Read file data. This will generate a list containing dataframes
listData <- lapply(fileList, read.table)

# Name list using name of files
names(listData) <- gsub(".csv","",basename(fileList))

library(tidyverse)
library(reshape2)

bind_rows(listData, .id = "FileName") %>%
  group_by(FileName) %>%
  mutate(rowNum = row_number()) %>%
  dcast(rowNum~FileName, value.var = "V1") %>%
  select(-rowNum) %>%
  write.csv(file="Result.csv")

# Content of Result.csv
# "","C1","C2"
# "1",102,296
# "2",106,299
# "3",152,843
# "4",196,1033
# "5",223,1996
# "6",486,NA
# "7",553,NA