如何预测cox回归的brier得分？

Question

我正在使用mlr包在R中进行机器学习。我在数据集上使用了cvcoxboost algorithmn，并希望计算输出的brier得分。

这应该起作用，因为listMeasures(cvcoxboost.tsk)也列出了测量ibrier 。 整个代码如下所示：

cvcoxboost.lrn = makeLearner("surv.cv.CoxBoost") 
cvcoxboost.tsk = makeSurvTask(data = data, target = c("time", "event"))
cvcoxboost.mod = train(cvcoxboost.lrn, cvcoxboost.tsk, subset = data.train) 
cvcoxboost.tsk.pred = predict(cvcoxboost.mod, task = cvcoxboost.tsk, subset = data.test)

listMeasures(cvcoxboost.tsk) # "iauc.uno" "featperc"    "ibrier"      "timeboth"  "timetrain"   "timepredict" "cindex.uno"  "cindex"  

performance(cvcoxboost.tsk.pred, measures = mlr::cindex)
performance(cvcoxboost.tsk.pred, measures = cindex.uno, model = cvcoxboost.mod, task = cvcoxboost.tsk)
performance(cvcoxboost.tsk.pred, measures = mlr::ibrier, model = cvcoxboost.mod, task = cvcoxboost.tsk)

...并且我收到错误No method for evaluating predicted probabilities from objects in class: CoxBoost 。

Answer 1

ibrier仅适用于受pec软件包支持的某些学习者，例如randomForestSRC或cox。 目前尚无足够的文档记录，但是您可以查看一下pec软件包，以了解支持哪些模型。