[英]Compute Non Zero Entries of a Matrix Faster in Python
我想从矩阵中生成三个向量,总结其非零值。 值向量,行索引向量和列索引向量。
例如,如果W = [[0.2。0.],[0.10。0.],[0。0. 5.]]。 我希望函数返回([2.0,10.0,5.0],[0,1,2],[1,1,2])。
下面的代码完成了这项工作,但对于大型矩阵来说太慢了。 我的工作量大约为100000.我不知道哪些索引不为零。 有没有办法加快速度?
from __future__ import division
import numpy as np
import collections
from numpy import *
import copy
#import timing
def nonZeroIndexes(W):
s = W.shape
nRows = s[0]
nColumns = s[1]
values = []
row_indexes = []
column_indexes = []
for r in xrange(nRows):
for c in xrange(nColumns):
if W[r,c] != 0:
values.append(W[r,c])
row_indexes.append(r)
column_indexes.append(c)
return values, row_indexes, column_indexes
n = 3
W = np.zeros((n,n))
W[0,1] = 2
W[1,1] = 10
W[2,2] = 5
vecs = nonZeroIndexes(W)
使用np.nonzero
>>> import numpy as np
>>> W = np.array([[0, 2, 0], [0, 10, 0], [0, 0, 5]])
>>>
>>> def nonZeroIndexes(W):
... zero_pos = np.nonzero(W)
... return (W[zero_pos],) + zero_pos
...
>>>
>>> nonZeroIndexes(W)
(array([ 2, 10, 5]), array([0, 1, 2]), array([1, 1, 2]))
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