在 R 中使用 clValid 在 cutree.default(clusterObj, nc) 中获取错误：函数 cutree 仅适用于 hclust/dendrogram/phylo 对象

Question

使用 Brock 等人的默认数据集，2008

install.packages("clValid", dependencies = TRUE)
library(clValid)
data("mouse")
express <- mouse[, c("M1", "M2", "M3", "NC1", "NC2", "NC3")]
rownames(express) <- mouse$ID
intern <- clValid(express, 2:6, clMethods = c("hierarchical", "kmeans", "diana", "fanny", 
"som", "pam", "sota", "clara", "model"), validation = "internal")

并获得以下信息：

cutree.default(clusterObj, nc) 中的错误：
函数 cuttree 仅适用于 hclust/dendrogram/phylo 对象。

Answer 1

问题似乎来自这样一个事实，即stats::cutree在加载包dendextend后被dendextend::cutree屏蔽，并且dendextend::cutree不适用于使用cluster包的某些函数生成的对象，如diana和agnes （而stats::cutree工作正常）。

编辑：这个问题是在dendextend 1.9.0 中观察到的，但在报告错误后，包作者很快就修复了。 新版本 1.10.0 与cluster和 CRAN 的clValid版本完美配合。 它可以通过以下方式安装： devtools::install_github("talgalili/dendextend")

这是目前最好的解决方案。 我在下面只为档案提供我最初的答案的其余部分。

---

一些用于测试的代码（在没有dendextend情况下一切正常，但加载dendextend会触发错误消息：

# detach(package:dendextend)
# library(dendextend)
# 
library(cluster)
d <- iris[,-5]
cl <- diana(dist(d))
cutree(cl, 3)
cl <- agnes(dist(d))
cutree(cl, 3)

library(clValid)
intern <- clValid(d, 2:10,
                  clMethods = c("hierarchical", "kmeans", "diana", "fanny",
                                "model", "pam", "agnes"),
                  method = "ward", validation = "internal")

可悲的是clValid似乎是孤立的，因此不可能要求开发人员更改代码（或者我错了吗？）。

解决方案：

• 不要同时使用dendextend和clValid
• 不使用agnes和diana在clMethods的说法clValid
• 我已经分叉了clValid github 存储库（来自 CRAN）并在代码中进行了必要的小改动。 您可以使用devtools::install_github("GillesSanMartin/clValid")安装此版本。 当加载dendextend时，它也适用于我。