在 R 中使用 clValid 在 cutree.default(clusterObj, nc) 中獲取錯誤：函數 cutree 僅適用於 hclust/dendrogram/phylo 對象

Question

使用 Brock 等人的默認數據集，2008

install.packages("clValid", dependencies = TRUE)
library(clValid)
data("mouse")
express <- mouse[, c("M1", "M2", "M3", "NC1", "NC2", "NC3")]
rownames(express) <- mouse$ID
intern <- clValid(express, 2:6, clMethods = c("hierarchical", "kmeans", "diana", "fanny", 
"som", "pam", "sota", "clara", "model"), validation = "internal")

並獲得以下信息：

cutree.default(clusterObj, nc) 中的錯誤：
函數 cuttree 僅適用於 hclust/dendrogram/phylo 對象。

Answer 1

問題似乎來自這樣一個事實，即stats::cutree在加載包dendextend后被dendextend::cutree屏蔽，並且dendextend::cutree不適用於使用cluster包的某些函數生成的對象，如diana和agnes （而stats::cutree工作正常）。

編輯：這個問題是在dendextend 1.9.0 中觀察到的，但在報告錯誤后，包作者很快就修復了。 新版本 1.10.0 與cluster和 CRAN 的clValid版本完美配合。 它可以通過以下方式安裝： devtools::install_github("talgalili/dendextend")

這是目前最好的解決方案。 我在下面只為檔案提供我最初的答案的其余部分。

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一些用於測試的代碼（在沒有dendextend情況下一切正常，但加載dendextend會觸發錯誤消息：

# detach(package:dendextend)
# library(dendextend)
# 
library(cluster)
d <- iris[,-5]
cl <- diana(dist(d))
cutree(cl, 3)
cl <- agnes(dist(d))
cutree(cl, 3)

library(clValid)
intern <- clValid(d, 2:10,
                  clMethods = c("hierarchical", "kmeans", "diana", "fanny",
                                "model", "pam", "agnes"),
                  method = "ward", validation = "internal")

可悲的是clValid似乎是孤立的，因此不可能要求開發人員更改代碼（或者我錯了嗎？）。

解決方案：

• 不要同時使用dendextend和clValid
• 不使用agnes和diana在clMethods的說法clValid
• 我已經分叉了clValid github 存儲庫（來自 CRAN）並在代碼中進行了必要的小改動。 您可以使用devtools::install_github("GillesSanMartin/clValid")安裝此版本。 當加載dendextend時，它也適用於我。