R hclust->樹狀圖-> phylo？

Question

我有帶有數百個節點和長標簽的hclust層次集群對象。 例如，一個家庭中多個基因的同義詞。 見下文。

我想將hclust切成較小的子樹，然后以靈活的樣式可視化它們。 在http://gastonsanchez.com/blog/how-to/2012/10/03/Dendrograms.html之后，我看到了如何切割樹狀圖和漂亮的猿類系統樹 。

我只是沒有看到任何將切割后的樹狀圖轉換為系統對象的方法。

> as.phylo(as.dendrogram(hc))
Error in UseMethod("as.phylo") : 
  no applicable method for 'as.phylo' applied to an object of class "dendrogram"

我願意接受任何會呈現圓形或垂直方向子樹的方法。

實際上，我的目標是視覺上檢測基因同義詞中的模式，以便我可以為它們編寫類似胡須模板的內容，因此，我什至可以接受不涉及樹狀圖的解決方案。 關於少數幾個純文本序列比對的SO帖子很少，但它們讓我有些頭疼。

> receptor.synonyms
                                 synonym
1                alpha1B-adrenergic receptor
2                                       B1AR
3              adrenergic receptor, alpha 2a
4                                  beta 3-AR
5                                 alpha-2AAR
6                                  alpha2-C4
7                                     Adrb-1
8                                       Badm
9                                  beta 1-AR
10    Adrenergic, alpha2C-, receptor class I
11                     alpha-1D adrenoceptor
12                                 beta 2-AR    
13                       adrenergic receptor
14              alpha-2A-adrenergic receptor
15  Adrenergic, alpha2B-, receptor class III
16            adrenergic, alpha 1B, receptor
17                    &alpha;<sub>2</sub>-C2
18           adrenergic, alpha-1A-, receptor
19                                   ADRARL1
20                     alpha-1B adrenoceptor
--- snip ---

Answer 1

自從您鏈接到的帖子發布以來，使用dendextend R包通過樹狀圖對象處理hclust輸出已經完成了許多工作。 例如，您可以使用“修剪”功能刪除標簽，在樹狀圖上使用“ cutree”，為分支着色，並執行許多其他操作。

您可以從帖子/期刊文章中了解有關該軟件包的更多信息： dendextend：用於可視化，調整和比較樹狀圖的軟件包（基於“生物信息學”的論文）

要查看更高級的內容（例如圓形圖等），可以查看該包裝的插圖： dendextend簡介 。