R：在更新R或RStudio之后更新或安装软件包存在许多问题

Question

我在进行R或RStudio更新时遇到了很多问题。 更新后的接下来的几个会议中，我遇到了很多这些问题。 在此信息上问题是否明显？ 如果没有，我该如何诊断？

问题采用以下形式：

1. 我的R库中存在的软件包会给出错误，提示缺少。 最常见的是这些tidyverse软件包。
2. 未安装tidyverse的某些依赖项，尤其是stringi 。 Hmisc很少发生类似的问题。
3. 软件包已正确下载，但出现错误，指出无法删除旧版本。 如果我手动取出包装并单独安装，这些错误将消失。

4. 如果尝试使用tidyverse_update更新tidyverse ， tidyverse_update遇到类似的问题，例如：

   tidyverse :: tidyverse_update（recursive = TRUE）loadNamespace（j <-i [[1L]]，c（lib.loc，.libPaths（）），versionCheck = vI [[j]]）中的错误：没有称为'readr'

尽管实际上存在阅读器包。

5. 我现在收到有关尝试单独安装阅读器的新错误消息：

   install.packages中的警告：lzma解码结果10 install.packages中的警告：无法访问存储库https://cran.case.edu/bin/windows/contrib/3.5的索引：以'Pac ...'开头的行格式错误！

再试一次：

Error in install.packages : invalid version specification ‘NA’

我通常以update.packages(ask=FALSE)开始会话。 我已将RStudio设置为始终以管理员身份运行。 如果询问，我通常从二进制文件而不是源文件进行安装。

我使用以下功能安装和加载软件包组：

# Install packages (if not already installed)
in_packs <- function(packs){
  new_packs <- packs[!(packs %in% installed.packages()[,"Package"])]
  if(length(new_packs) < 1) print("Already installed.") else {
    install.packages(new_packs, dependencies = TRUE,      # move to fairR_fns 
                        repos=c("https://cran.case.edu/",
                                "https://cran.rstudio.com"))

# Load packages (if not already installed)
load_pks <- function(pks){
  invisible(sapply(X = pks[seq_along(pks)], FUN = library, character.only = TRUE))
}

这是我的会议信息。

R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.0       lubridate_1.7.4  lattice_0.20-38  tidyr_0.8.2     
 [5] assertthat_0.2.0 digest_0.6.18    R6_2.3.0         plyr_1.8.4      
 [9] backports_1.1.3  httr_1.4.0       ggplot2_3.1.0    pillar_1.3.1    
[13] rlang_0.3.0.1    lazyeval_0.2.1   stringr_1.3.1    munsell_0.5.0   
[17] broom_0.5.1      compiler_3.5.1   modelr_0.1.2     pkgconfig_2.0.2 
[21] tidyselect_0.2.5 tibble_1.4.2     crayon_1.3.4     dplyr_0.7.8     
[25] grid_3.5.1       nlme_3.1-137     jsonlite_1.6     gtable_0.2.0    
[29] magrittr_1.5     scales_1.0.0     cli_1.0.1        stringi_1.2.4   
[33] bindrcpp_0.2.2   generics_0.0.2   tools_3.5.1      forcats_0.3.0   
[37] glue_1.3.0       purrr_0.2.5      hms_0.4.2        yaml_2.2.0      
[41] colorspace_1.3-2 memoise_1.1.0    bindr_0.1.1      haven_2.0.0     

Answer 1

我发现如果执行以下操作，大多数（尽管不是全部）问题都会消失：

1. 确保仅打开一个R实例。
2. 建立R和RStudio以管理员身份运行。

这有点棘手，因为正在运行RI的实例化通常是由RStudio打开的，而不是我打开的。 对于RStudio和R，在桌面或开始菜单上的快捷方式上单击鼠标右键。 在快捷方式选项卡上，选择高级。 然后选中以管理员身份运行的框。 我也允许其他程序修改程序文件中的R目录，尽管我不确定这是否必要。 右键单击属性，在“安全性”选项卡上，选择“所有应用程序包”，单击“编辑”，然后选中“完全控制”。

3. 将R文件夹本身及其所有子文件夹设置为共享。 （请注意，如果您在共享计算机上，这会带来安全风险）。 右键单击R目录（通常是“我的文档”文件夹中的目录，而不是程序文件中的目录），然后在共享选项卡下，单击共享。

完成这些操作后仍然存在的问题中，大多数似乎通常是由短期的存储库副本问题引起的。 这样的问题不仅会打乱损坏的（或其他）程序包，而且还会打扰其依赖性。 手动删除问题软件包的文件夹，重新启动R，然后在加载任何软件包之前切换到其他存储库。 然后照常安装