安装R包的问题

Question

我是 Windows 用户。 几周前，我安装了 R 和 Rstudio 以及许多软件包。 今天有一条消息说没有安装新的软件包。

Warning: unable to access index for repository http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/src/contrib:
  cannot open URL 'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/src/contrib/PACKAGES'

我重新安装了 R 但这并没有解决问题。

install.packages 中的警告：

  InternetOpenUrl failed: 'Can not connect to server'

Answer 1

这是在 R 和 RStudio 中偶尔出现的东西。 RStudio 更改了很多设置，选项 "repos"就是其中之一。 在 Windows 上，添加了以下内容

编辑：这不是 RStudio 添加这个额外的存储库。 该存储库由 Brian Ripley 博士友情提供，用于由于某种原因无法在 CRAN 上提供的软件包（许可证，不是开箱即用的，需要额外的软件，...）。 这在设置中称为“CRANextra”：

> getOption("repos")
                                CRAN                            CRANextra 
         "https://cran.rstudio.com/" "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin" 
attr(,"RStudio")
[1] TRUE

因此，RStudio 在 Windows 上运行时会尝试访问特定的存储库，但该存储库过去曾出现过一些连接问题； 它并不总是可以访问的，如果不能访问，则会发出您报告的警告。

您可以通过重置此选项来停止此警告：

options(repos = "https://cran.rstudio.com") # or a repo of your choice.

这允许您在没有警告的情况下安装软件包：

> install.packages("fortunes")
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.4/fortunes_1.5-4.zip'
Content type 'application/zip' length 202721 bytes (197 KB)
downloaded 197 KB

package ‘fortunes’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\Joris\AppData\Local\Temp\Rtmpu0febg\downloaded_packages

即使显示此警告，仍会从 rstudio CRAN 镜像安装软件包。 该警告被报告为错误，RStudio 已承诺尽快解决它。

编辑： R 常见问题（最后一段）中有关 CRANextra 存储库的更多信息：

一些 CRAN 包不是在 Windows 上开箱即用的，需要额外的软件，或者为 Windows 提供第三方库，不能以 Windows 二进制包的形式在 CRAN 上可用。 尽管如此，其中一些软件包可在https://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/的“CRAN extras”存储库中获得，由 Brian D. Ripley 友情提供。 请注意，此存储库是适用于 Windows 的 R 最新版本的默认存储库。

Answer 2

在 R Studio 修复错误的同时，每次启动 R 会话时不必指定 CRAN 存储库的临时解决方案是编辑您的“Rprofile.site”文件并添加此行

options(repos = getOption("repos")["CRAN"])

这样每次启动 R 会话时，CRANextra 存储库（“ http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin ”）都会自动删除。 只记得在错误解决后删除或评论 # 这一行。

Answer 3

我遇到了类似的问题，对我有用的修复是，在 RStudio 中，我打开了工具 -> 全局选项 -> 包 -> 主 CRAN 存储库 -> 设置全局。

还要确保您没有使用 installed.packages由于 RStudio 打字建议，很多人都会遇到这种情况。 您需要使用install.packages("<package_name>")