在 R 中用 igraph 绘制图形：边长与权重成正比

Question

我需要为加权无向图绘制一个简单的图，其中唯一的边在单个中心节点和其他一些（即星型网络拓扑）之间，所以我只需要我的节点等距（即之间的角度相同）每对连续的节点）围绕中心节点。 但是，我的边缘是加权的，我希望边缘长度与权重值成正比。 有什么办法可以在 R 或 Python 中实现这一点吗？ 我一直在研究 igraph 包，但似乎找不到合适的布局。 这是我正在使用的示例数据框：

d = data.frame("n1"=c('A','A','A','A'), "n2"=c('B','C','D','E'), "weight"=c(1,1.5,2,5))

谢谢你的帮助！

Answer 1

我不相信有专门的布局可以做到这一点，但是您可以通过创建一组布局坐标然后按权重缩放它们以非常简单的方式实现这种效果。

下面 R 中的示例代码：

library(igraph)

# toy data
d = data.frame("n1"=c('A','A','A','A'), "n2"=c('B','C','D','E'), "weight"=c(1,1.5,2,5))

g <- graph_from_data_frame(d)

# we can create a layout object that is just coordinate positions
coords <- layout_(g, as_star())
coords
#>               [,1]          [,2]
#> [1,]  0.000000e+00  0.000000e+00
#> [2,]  1.000000e+00  0.000000e+00
#> [3,]  6.123234e-17  1.000000e+00
#> [4,] -1.000000e+00  1.224647e-16
#> [5,] -1.836970e-16 -1.000000e+00

# Knowing this is a star the N nodes should have N-1 edges. We can scale
# The N-1 positions by the weights
weight.scale <- c(1, d$weight)

coords2 <- weight.scale * coords
coords2
#>               [,1]          [,2]
#> [1,]  0.000000e+00  0.000000e+00
#> [2,]  1.000000e+00  0.000000e+00
#> [3,]  9.184851e-17  1.500000e+00
#> [4,] -2.000000e+00  2.449294e-16
#> [5,] -9.184851e-16 -5.000000e+00

# we can inspect
plot(g, layout = coords2)

^{由reprex 包(v0.2.1) 于 2019 年 2 月 7 日创建}