用R配置MKL

Question

我在使用MKL库触发带有R的线程时遇到问题。 我目前正在使用Ubuntu 18.04.2 LTS。

Linux pedro-HP-EliteOne-800-G1-AiO 4.18.0-15-generic #16~18.04.1-Ubuntu SMP Thu Feb 7 14:06:04 UTC 2019 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

r-open$ screenfetch 
                          ./+o+-       pedro@pedro-HP-EliteOne-800-G1-AiO
                  yyyyy- -yyyyyy+      OS: Ubuntu 18.04 bionic
               ://+//////-yyyyyyo      Kernel: x86_64 Linux 4.18.0-15-generic
           .++ .:/++++++/-.+sss/`      Uptime: 19h 27m
         .:++o:  /++++++++/:--:/-      Packages: 1834
        o:+o+:++.`..```.-/oo+++++/     Shell: bash
       .:+o:+o/.          `+sssoo+/    Resolution: 1920x1080
  .++/+:+oo+o:`             /sssooo.   DE: GNOME 
 /+++//+:`oo+o               /::--:.   WM: GNOME Shell
 \+/+o+++`o++o               ++////.   WM Theme: Adwaita
  .++.o+++oo+:`             /dddhhh.   GTK Theme: Ambiance [GTK2/3]
       .+.o+oo:.          `oddhhhh+    Icon Theme: ubuntu-mono-dark
        \+.++o+o``-````.:ohdhhhhh+     Font: Ubuntu 11
         `:o+++ `ohhhhhhhhyo++os:      CPU: Intel Core i5-4590S @ 4x 3.7GHz [27.8°C]
           .o:`.syhhhhhhh/.oo++o`      GPU: intel
               /osyyyyyyo++ooo+++/     RAM: 2659MiB / 7867MiB
                   ````` +oo+++o\:    
                          `oo++.      

注意 ：我的机器有4个核心 。

最初，我在intel网站上下载了文件l_mkl_2019.2.187.tgz ，并完成了/home/pedro/的安装。 后来我下载了R-3.5.2.tar.gz文件来编译具有多线程MKL支持的R。 我通过以下方式执行了编译：

source /home/pedro/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64
cd /home/pedro/Downloads/R-3.5.2 && ./configure --enable-R-shlib --enable-threads=posix --with-lapack --with-blas="-fopenmp -m64 -I$MKLROOT/include -L$MKLROOT/lib/intel64 -lmkl_gf_lp64 -lmkl_gnu_thread -lmkl_core -lpthread -lm"
make
make install

显然，编译过程没有任何问题。 使用sessionInfo()命令，我得到以下结果：

> sessionInfo()
R version 3.5.2 (2018-12-20)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.2 LTS

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /home/pedro/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187/linux/mkl/lib/intel64_lin/libmkl_gf_lp64.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=pt_BR.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=pt_BR.UTF-8        LC_COLLATE=pt_BR.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=pt_BR.UTF-8    LC_MESSAGES=pt_BR.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=pt_BR.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=pt_BR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.2

基本上，我试图使用parallel :: mclapply函数并行化Monte Carlo模拟。 事实是，串行（1核）使用MKL会有更好的结果，但是当尝试并行化时，我意识到4核中没有触发线程。

我使用parallel::mclapply函数parallel::mclapply是：

parallel::mclapply(1:8, FUN = function(x) func_metodos(), mc.cores = 4)) ，其中func_metodos()是我在R中实现的函数，想重复8次。

注意 ：除了使用Microsoft R Open之外，我还需要其他解决方案。 我不喜欢使用微软指责的东西。

最好的祝福。

Answer 1

我在某种程度上涵盖了

• 在这篇博客文章中
• 基于此仓库中的脚本。

正如我在那里演示的那样，这可以完全自动化。 我可以添加更多颜色，但现在必须运行...