无法在rmarkdown中导入python模块

Question

我正在尝试从我在Rmarkdown文档中创建的virtualenv中导入一些python模块。 我是python的新手，所以我将逐步进行设置。

（1）我使用以下命令在默认根目录~/.virtualenvs创建了一个名为r-reticulate的新virtualevn

virtualenv -p /usr/bin/python3 r-reticulate

（2）激活环境后，我使用pip安装了一些模块。 以下是已安装软件包的列表：

$ pip list

Package         Version
--------------- -------
cycler          0.10.0
kiwisolver      1.0.1
matplotlib      3.0.2
numpy           1.16.1
pandas          0.24.1
pip             19.0.3
pkg-resources   0.0.0
pyparsing       2.3.1
python-dateutil 2.8.0
pytz            2018.9
setuptools      40.8.0
six             1.12.0
virtualenv      16.4.1
wheel           0.33.1

（3）现在到我的R代码。 我只有2个代码块。 首先：

```{r}
library(reticulate)
use_virtualenv(virtualenv = "r-reticulate")
```

第二个：

```{python}
import pandas as pd
import numpy as np
```

第一个代码卡盘运行没有错误，但是第二个代码卡盘返回：

ImportError: No module named matplotlib

我已经通过激活r-reticulate环境并通过终端导入这些模块来验证r-reticulate环境是否可以正常工作。

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Sesssion Info

R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.1 LTS

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/atlas/libblas.so.3.10.3
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/atlas/liblapack.so.3.10.3

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] reticulate_1.10 ggplot2_3.1.0 

Answer 1

经过更多的挖掘，我发现我没有最新版本的reticulate 。 升级到reticulate_1.9似乎已解决了模块导入错误。 我已经成功地从r-reticulate env导入了其他软件包，因此我相信它use_virtualenv(virtualenv = "r-reticulate")现在可以正常工作。