R rect.hclust：树状图中的矩形太高

Question

我请了许多不同的专家根据它们的相似性对 92 个对象进行排序。 根据他们的回答，我构建了一个 92 x 92 的相异矩阵。 在 R 中，我使用以下命令检查了这个矩阵：

cluster1 <- hclust(as.dist(DISS_MATRIX), method = "average") 
plot(cluster1, cex=.55)

为了突出显示集群，我想在它们周围绘制矩形：

rect.hclust(cluster1, k = 3, border = "red")

结果如下：

但是，当对象具有更长的名称（“AAAAAAAAAAAAAAAA43”而不是“A43”）时，格式将关闭：

rownames(DISS_MATRIX) <- paste0(rep("AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA",92),1:92)
colnames(DISS_MATRIX) <- paste0(rep("AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA",92),1:92)
cluster1 <- hclust(as.dist(DISS_MATRIX), method = "average") 
plot(cluster1, cex=.55)
rect.hclust(cluster1, k = 3, border = "red")

这可以通过生成的树状图看出。

矩形似乎已经移动到树状图的末端。 不太好。 我认为这个故障一定是由于相异矩阵中 92 个对象的长名称造成的。 它也可能看起来不太相关。 只要确保您的对象的名称足够短。

但是，由于不同的原因，我希望我的对象具有它们原来的（即长的）名称。 此图用于演示，因此我不想使用代码。 我也不想使用任何其他包，因为我通常发现 hclust 很容易使用。 但是，我没有找到在 rect.hclust 命令中定位矩形的任何方法。 因此，即使对象名称很长，我该怎么做才能将矩形定位到树状图中？ 谢谢。

Answer 1

您写道：“我也不想使用任何其他包，因为我通常发现 hclust 非常易于使用。”

虽然 hclust 非常适合创建层次聚类对象，但它在绘图方面支持不多。 获得 hclust 输出后，最好将其更改为 dendrogram（使用as.dendrogram ）以进行可视化（因为它更适合as.dendrogram ）。 如果不使用打包在包中的复杂代码，就无法做您想做的事情，这是您前进的最佳途径（恕我直言）。 （我知道是因为我写了 rect.dendrogram，而且花了很多工作才能让它按照你想要的方式工作）

dendextend R 包允许使用许多函数来操作和可视化树状图（请参阅此处的小插图）。 具体来说， rect.dendrogram 函数可以处理您询问的这种情况（具有长标签）。 例如（为了好玩，我添加了 color_branches 和 color_labels ）：

library(dendextend)
hc <- mtcars[, c("mpg", "disp")] %>% dist %>% hclust(method = "average") 
dend <- hc %>% as.dendrogram %>% hang.dendrogram
# let's make the text longer
labels(dend)[1] <- "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA"

par(mar = c(15,2,1,1))
dend %>% color_branches(k=3) %>% color_labels(k=3) %>% plot
dend %>% rect.dendrogram(k=3)