使用多个因素标记 hclust 树状图

Question

我正在对一些生态数据进行一些层次聚类分析，并且我正在努力使用标签，这些标签是数字的，几乎毫无意义：带无意义标签的树状图

本质上，我想将我的数据中的两个阶乘列绑定在一起，以创建标签来阐明哪些数据点是什么，而且我对 R 的标签系统了解得不够好，无法理解我想要做什么。

如果查看我的代码可以帮助您更好地理解，那么这里是：

nta ##data frame: 32obs, 40 variables - 
    ##$Quadrant factor w/8levels
    ##$Position factor w/4levels
nta.bc ##bray-curtis dissimilarity matrix of data
nta.hclust ##average-linked cluster object of nta.bc

##attempt to plot w/labels
plot(nta.hclust) +
  labels(nta, which = c(nta$Quadrant,nta$Position)) +
  rect.hclust(nta.hclust,k=4)

有人有任何指示吗？

Answer 1

您应该使用dput()包含示例数据，以便我们可以使用您自己的数据示例来说明答案。 还要提供实际代码而不是注释，因为问题可能出在您的代码中。 这是一个使用 package vegan中包含的varespec数据的示例。 主要问题是您将ggplot2语法与基本图形功能一起使用。 您是否收到未包含在问题中的错误消息？

data(varespec)    # Load varspec data set included in vegan
vsp.bc <- vegdist(varespec, method="bray")
vsp.hcl <- hclust(vsp.bc, method="average")
plot(vsp.hcl, labels=paste("Plot", rownames(varespec)))
rect.hclust(vsp.hcl, k=4)