使用多個因素標記 hclust 樹狀圖

Question

我正在對一些生態數據進行一些層次聚類分析，並且我正在努力使用標簽，這些標簽是數字的，幾乎毫無意義：帶無意義標簽的樹狀圖

本質上，我想將我的數據中的兩個階乘列綁定在一起，以創建標簽來闡明哪些數據點是什么，而且我對 R 的標簽系統了解得不夠好，無法理解我想要做什么。

如果查看我的代碼可以幫助您更好地理解，那么這里是：

nta ##data frame: 32obs, 40 variables - 
    ##$Quadrant factor w/8levels
    ##$Position factor w/4levels
nta.bc ##bray-curtis dissimilarity matrix of data
nta.hclust ##average-linked cluster object of nta.bc

##attempt to plot w/labels
plot(nta.hclust) +
  labels(nta, which = c(nta$Quadrant,nta$Position)) +
  rect.hclust(nta.hclust,k=4)

有人有任何指示嗎？

Answer 1

您應該使用dput()包含示例數據，以便我們可以使用您自己的數據示例來說明答案。 還要提供實際代碼而不是注釋，因為問題可能出在您的代碼中。 這是一個使用 package vegan中包含的varespec數據的示例。 主要問題是您將ggplot2語法與基本圖形功能一起使用。 您是否收到未包含在問題中的錯誤消息？

data(varespec)    # Load varspec data set included in vegan
vsp.bc <- vegdist(varespec, method="bray")
vsp.hcl <- hclust(vsp.bc, method="average")
plot(vsp.hcl, labels=paste("Plot", rownames(varespec)))
rect.hclust(vsp.hcl, k=4)