在hclust中使用cluster.stats

Question

我在兩個不同的hclust群集上使用cluster.stats時遇到問題。 那不可能嗎？

我使用的版本是0.99.491 –©2009-2015 RStudio，Inc.，並安裝了以下軟件包：

mylib <- "/Users/Klaus/R Packages/"; mylib
install.packages("NbClust",lib=mylib)
install.packages("modeltools",lib=mylib)
install.packages("flexclust",lib=mylib)
install.packages("RTextTools",lib=mylib) # Amazon's default machine image uses the Atlas BLAS. R points to that when installed with all defaults, but RTextTools expects the ordinary BLAS. 
install.packages("mclust",lib=mylib)
install.packages("fpc",lib=mylib)

library("NbClust",lib=mylib)
library("modeltools",lib=mylib)
library("flexclust",lib=mylib)
library("cluster",lib=mylib)
library("mclust",lib=mylib)
library("fpc",lib=mylib)

我正在創建這些集群：

data(nutrient, package="flexclust")
row.names(nutrient) <- tolower(row.names(nutrient))
nutrient.scaled <- scale(nutrient)
d_eucli <- dist(nutrient.scaled,"euclidean")
fit.single <- hclust(d_eucli, method="single")
fit.average <- hclust(d_eucli, method="average")

但是在它們上使用cluster.stats時出現錯誤：

cluster.stats(d_eucli, fit.single$cluster, fit.average$cluster)

錯誤（在丹麥語設置中）：

Fejl i `[<-`(`*tmp*`, j, i, value = Inf) : subscript out of bounds
In addition: Advarselsbeskeder:
1: I max(clustering) : no non-missing arguments to max; returning -Inf
2: I cluster.stats(d_eucli, fit.single$cluster, fit.average$cluster) :
  clustering renumbered because maximum != number of clusters
3: I min(bv) : no non-missing arguments to min; returning Inf
4: I min(sij) : no non-missing arguments to min; returning Inf

我想念什么？

Answer 1

hclust將計算樹狀圖，而不是分區。

要執行后面的步驟，請使用cutree 。 這樣您就可以繼續了。

Answer 2

以下代碼應該可以工作，我自己嘗試過：

fit.single <- hclust(d_eucli, method="single")

fit.average <- hclust(d_eucli, method="average")

cut.single <- cutree(fit.single, k=3) 

如果您知道群集數（K）或根據其他驗證測試，則應指定群集數（K）

cut.average <- cutree(fit.average, k=3)

cluster.stats(d_eucli, cut.single, cut.average)