如何根据树状图中形成的簇将 hclust 的 label 放入表中

Question

我有一个具有许多叶节点/标签的集群的树状图如何根据使用 R 形成的集群将 hclust 的这些标签逐行放在表中

Answer 1

我相信更直接的方法是使用cutree （而不是通过 rect.dendrogram 使用 go）：

> d1 <- USArrests[1:10,]
> d1 <- USArrests[1:10,]
> hc <- hclust(dist(d1))
> hcc <- cutree(hc, k = 3)
> hcc
    Alabama      Alaska     Arizona    Arkansas  California 
          1           1           2           1           2 
   Colorado Connecticut    Delaware     Florida     Georgia 
          1           3           1           2           1 
> data.frame(d1, hcc)
            Murder Assault UrbanPop Rape hcc
Alabama       13.2     236       58 21.2   1
Alaska        10.0     263       48 44.5   1
Arizona        8.1     294       80 31.0   2
Arkansas       8.8     190       50 19.5   1
California     9.0     276       91 40.6   2
Colorado       7.9     204       78 38.7   1
Connecticut    3.3     110       77 11.1   3
Delaware       5.9     238       72 15.8   1
Florida       15.4     335       80 31.9   2
Georgia       17.4     211       60 25.8   1

专业提示：如果您使用 dendrogram 而不是 hclut，则可以使用dendextend package 以获得树状图的cutree。

Answer 2

您需要访问存储在rect.hclust object 中的数据，如下所示：

obj <- rect.hclust(my_matrix, k = n)
str(obj)

通过使用str检查obj ，您将找到按集群分组的所有变量的列表。 您可以将它们导出为表格形式，例如使用lapply ：

labels <- lapply(obj, paste0, collapse = ",")