问：python（在集群的bash脚本中使用cutadapt）：libpython3.7m.so.1.0：无法打开共享对象文件：无此类文件或目录

Question

我在使用程序cutadapt（利用python）的群集上运行bash脚本。

在运行脚本之前，我已加载python 3.7.0版和cutadapt

alias python=python3
module load python/3.7.0
pip3 install --user --upgrade cutadapt

然后通过qsub将其发送出去，但是该作业一直在提前中止，并且我不断收到以下错误：

/u/local/apps/python/3.7.0/bin/python3: 
error while loading shared libraries: libpython3.7m.so.1.0: 
cannot open shared object file: No such file or directory

$LD_LIBRARY_PATH似乎不是问题，因为echo $LD_LIBRARY_PATH显示优先列出了/u/local/apps/python/3.7.0/lib 。

另外， ldd /u/local/apps/python/3.7.0/bin/python3显示找到libpython3.7m.so.1.0并指向：

libpython3.7m.so.1.0 => 
/u/local/apps/python/3.7.0/lib/libpython3.7m.so.1.0 (0x00007f66e01f6000) 

此外，以与我的脚本相同的方式调用cutadapt似乎正常工作：

~/.local/bin/cutadapt

This is cutadapt 2.3 with Python 3.7.0
Command line parameters:

Run "cutadapt --help" to see command-line options.
See https://cutadapt.readthedocs.io/ for full documentation.

我的同龄人已经运行几乎完全相同的代码和脚本，并且脚本中止/此错误消息没有问题。

预先感谢您对如何解决此问题的任何建议！

编辑（感谢您的反馈！）：

这是我提交的脚本（除了集群上不同的主目录和不同的输出目录外，与我的对等方几乎相同）：

#-- trim00s.sh --#
#!/bin/bash
#runs cutadapt on files 01-09

for i in {1..9}
do
fastq="Index0${i}.for.fq"
trimmedFastq="Index0${i}_trimmed.for.fq"
/u/home/e/evanderw/.local/bin/cutadapt -a GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACNNNNNNATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG -a "A{10}" -a "T{10}" -m 15 -q 30 -o ../../04_trimmed/lane_2/$trimmedFastq $fastq
done

$LD_LIBRARY_PATH是我第一次登录到集群后的内容（我想它会自动设置为这些集群的默认库吗？）：

echo $LD_LIBRARY_PATH
/u/local/compilers/intel-cs/2013.0.028/mpi/intel64/lib:
/u/local/compilers/intel-cs/2013.0.028/itac/intel64/itac/slib_impi4:
/u/local/compilers/intel-cs/2013.0.028/composer_xe/compiler/lib/intel64:
/opt/intel/mic/coi/host-linux-release/lib:
/opt/intel/mic/myo/lib:
/u/local/compilers/intel-cs/2013.0.028/composer_xe/mpirt/bin/intel64:
/u/local/compilers/intel-cs/2013.0.028/composer_xe/ipp/lib/intel64:
/u/local/compilers/intel-cs/2013.0.028/composer_xe/mkl/lib/intel64:
/u/local/compilers/intel-cs/2013.0.028/composer_xe/tbb/lib/intel64

但是然后在我完成alias python=python3并将module load python/3.7.0更改为后，它会更改：

echo $LD_LIBRARY_PATH
/u/local/apps/python/3.7.0/lib:
/u/local/compilers/intel/17.0.1/compilers_and_libraries_2017.1.132/linux/mkl/lib/intel64:
/u/local/apps/xz/5.2.3/lib:
/u/local/apps/openssl/1.1.1/lib:
/u/local/apps/mpfr/3.1.5/gcc-4.9.3/lib:
/u/local/apps/hdf5/1.8.18/gcc-4.4.7-shared/lib:
/u/local/compilers/gcc/4.9.3/lib:
/u/local/compilers/gcc/4.9.3/lib64:
/u/local/compilers/intel-cs/2013.0.028/mpi/intel64/lib:
/u/local/compilers/intel-cs/2013.0.028/itac/intel64/itac/slib_impi4:
/u/local/compilers/intel-cs/2013.0.028/composer_xe/compiler/lib/intel64:
/opt/intel/mic/coi/host-linux-release/lib:
/opt/intel/mic/myo/lib:
/u/local/compilers/intel-cs/2013.0.028/composer_xe/mpirt/bin/intel64:
/u/local/compilers/intel-cs/2013.0.028/composer_xe/ipp/lib/intel64:
/u/local/compilers/intel-cs/2013.0.028/composer_xe/mkl/lib/intel64:
/u/local/compilers/intel-cs/2013.0.028/composer_xe/tbb/lib/intel64

Answer 1

我更新了脚本以确保shebang是第一行，然后将$LD_LIBRARY_PATH打印为文本文件：

#!/bin/bash

#-- trim00s.sh --#
#runs cutadapt on files 01-09

echo $LD_LIBRARY_PATH >foo.txt

for i in {1..9}
do
fastq="Index0${i}.for.fq"
trimmedFastq="Index0${i}_trimmed.for.fq"
/u/home/e/evanderw/.local/bin/cutadapt -a GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACNNNNNNATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG -a "A{10}" -a "T{10}" -m 15 -q 30 -o ../../04_trimmed/lane_2/$trimmedFastq $fastq
done

错误仍然存​​在，并且生成的foo.txt文件完全空白，这意味着在脚本通过qsub运行时， $LD_LIBRARY_PATH被重置为空白。

因此，我在脚本中添加了一行，现在为我的代码在查找$LD_LIBRARY_PATH时遇到问题的库添加目录，并且该目录有效！

#!/bin/bash

#-- trim00s.sh --#
#runs cutadapt on files 01-09

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/u/local/apps/python/3.7.0/lib


for i in {1..9}
do
fastq="Index0${i}.for.fq"
trimmedFastq="Index0${i}_trimmed.for.fq"
/u/home/e/evanderw/.local/bin/cutadapt -a GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACNNNNNNATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG -a "A{10}" -a "T{10}" -m 15 -q 30 -o ../../04_trimmed/lane_2/$trimmedFastq $fastq
done