如何使用R将数据框中的数据插入MySQL表中的选定列

Question

我有一个由3列组成的数据框，名为INTERNAL_ID ， NT_CLONOTYPE和SAMPLE_ID 。 我需要在R中编写一个脚本，它将这些数据传输到MySQL表中具有确切名称的相应3列中。 但是，该表有超过3列，例如5（ INTERNAL_ID ， COUNT ， NT_CLONOTYPE ， AA_CLONOTYPE和SAMPLE_ID ）。 MySQL表已经存在，可能包含也可能不包含预先存在的数据行。

我正在使用R中的dbx和RMariaDB库。我已经能够使用dbxConnect()连接到MySQL数据库。 当我尝试运行dbxUpsert()

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conx <- dbxConnect(adapter = "mysql", dbname = "TCR_DB", host = "127.0.0.1", user = "xxxxx", password = "xxxxxxx")

table <- "TCR"
records <- newdf  #dataframe previously created with the update data.

dbxUpsert(conx, table, records, where_cols = c("INTERNAL_ID"))

dbxDisconnect(conx)

我希望获得一个更新的mysql表，其中包含新行，这些行可能在数据框中未包含的列中有空条目，也可能没有。

Ex.
INTERNAL_ID  COUNT  NT_CLONOTYPE  AA_CLONOTYPE SAMPLE_ID
Pxxxxxx.01          CTTGGAACTG                  PMA.01

连接和断开都运行fin，但我没有输出，而是获得以下错误：

  Error in .local(conn, statement, ...) : 
  could not run statement: Field 'COUNT' doesn't have a default value

我怀疑是因为每个文件中的列数不一样，但我不确定。 如果是这样，我怎么能解决这个问题。

Answer 1

我想到了。 我将“COUNT”的表条目更改为默认值为NULL。 这允许程序通过忽略“COUNT”继续进行。