Docker，CentOS：如何在bash shell中自动使用环境模块加载模块？

Question

我想自动在CentOS Docker容器中加载模块。

通常，我会将命令放在.bashrc / .bash_profile ，但似乎无法正常工作。

这是我当前的Dockerfile的开始：

FROM centos:7.6.1810

RUN yum update -y && yum clean all

RUN yum install -y https://centos7.iuscommunity.org/ius-release.rpm \
    && yum install -y python36u python36u-libs python36u-devel python36u-pip \
    && yum install -y environment-modules mpich mpich-devel gcc-c++ \
    && yum install -y git

RUN echo "source /usr/share/Modules/init/bash" >> /root/.bash_profile \
    && echo "module load mpi/mpich-x86_64" >> /root/.bash_profile \
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 50 \
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.6 60

WORKDIR /app

...

这是有效的命令：

docker run -t my_image:tag /bin/bash -c "source /usr/share/Modules/init/bash; module load mpi/mpich-x86_64; mpiexec"

但是我只想让docker run -t my_image:tag /bin/bash -c "mpiexec"即可工作。

我尝试过将回显命令的多种组合添加到/root/.bashrc或/app/.bash_profile ，但似乎无法/app/.bash_profile正常工作。

Answer 1

在您描述的docker run命令上， bash作为非登录shell以非交互模式启动。 在这种情况下， bash不会评估其初始化配置文件，例如~/.bash_profile或~/.bashrc 。

为了适应这种情况下的bash初始化，可以使用BASH_ENV变量。 在非交互模式下启动时， bash获取此变量所指向的文件（如果已设置）。

因此，我建议将您的docker映像的定义修改如下：

• 创建一个~/.bashenv文件来保存环境模块的初始化命令并加载mpi modulefile
• 然后在创建的容器上运行命令时，声明映像定义中指向/root/.bashenv BASH_ENV变量进行设置

FROM centos:7.6.1810

RUN yum update -y && yum clean all

RUN yum install -y https://centos7.iuscommunity.org/ius-release.rpm \
    && yum install -y python36u python36u-libs python36u-devel python36u-pip \
    && yum install -y environment-modules mpich mpich-devel gcc-c++ \
    && yum install -y git
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 50 \
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.6 60 \
    && echo "source /usr/share/Modules/init/bash" >> /root/.bashenv \
    && echo "module load mpi/mpich-x86_64" >> /root/.bashenv \
    && echo "[[ -s ~/.bashenv ]] && source ~/.bashenv" >> /root/.bash_profile \
    && echo "[[ -s ~/.bashenv ]] && source ~/.bashenv" >> /root/.bashrc

ENV BASH_ENV=/root/.bashenv

WORKDIR /app