如何修复文件中的错误（文件，ifelse（附加，“a”，“w”））：无法在 R 笔记本中打开连接

Question

我目前正在学习 R 笔记本电脑，但我遇到了路径问题。 我制作了一个 R 项目，并将我的所有脚本和文件托管在包含 R 项目的文件夹中。 我正在尝试运行：

接下来，安装库：

library(tidyverse)
library(CHNOSZ)
library(janitor)

然后使用以下命令导入和合并文件：

d <-list.files(path="./merge", pattern="*.csv", full.names = TRUE) %>% 
  map_df(~read_csv(., col_types = cols(.default = "c")))

d

结果是一个 0 行的小标题。 还，

write.csv(d,file="data_generated/FinalmergeAllCompounds_comb.csv")

抛出错误 Error in file(file, ifelse(append, "a", "w")): cannot open the connection

当我在 Rstudio 的同一个项目中将其作为普通脚本运行时，该脚本工作得很好。 我合并了.csv文件没有问题，我可以将它导出回我的项目目录，没有问题。

这似乎是 RNotebook 和文件路径之间的冲突。 我该如何解决？

Answer 1

问题的答案是添加：

knitr::opts_knit$set(root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file())

根据 csgroen 的评论和这篇文章Setting work directory in knitr using opts_chunk$set(root.dir =...) 到笔记本脚本的顶部不起作用