如何修復文件中的錯誤（文件，ifelse（附加，“a”，“w”））：無法在 R 筆記本中打開連接

Question

我目前正在學習 R 筆記本電腦，但我遇到了路徑問題。 我制作了一個 R 項目，並將我的所有腳本和文件托管在包含 R 項目的文件夾中。 我正在嘗試運行：

接下來，安裝庫：

library(tidyverse)
library(CHNOSZ)
library(janitor)

然后使用以下命令導入和合並文件：

d <-list.files(path="./merge", pattern="*.csv", full.names = TRUE) %>% 
  map_df(~read_csv(., col_types = cols(.default = "c")))

d

結果是一個 0 行的小標題。 還，

write.csv(d,file="data_generated/FinalmergeAllCompounds_comb.csv")

拋出錯誤 Error in file(file, ifelse(append, "a", "w")): cannot open the connection

當我在 Rstudio 的同一個項目中將其作為普通腳本運行時，該腳本工作得很好。 我合並了.csv文件沒有問題，我可以將它導出回我的項目目錄，沒有問題。

這似乎是 RNotebook 和文件路徑之間的沖突。 我該如何解決？

Answer 1

問題的答案是添加：

knitr::opts_knit$set(root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file())

根據 csgroen 的評論和這篇文章Setting work directory in knitr using opts_chunk$set(root.dir =...) 到筆記本腳本的頂部不起作用