R - 我怎样才能使这个循环更快？

Question

有什么方法可以让 r 中的这个循环更快？

    V=array(NA, dim=c(nrow(pixDF), n))

    for(i in 1:n)
    {
       sdC<-sqrt(det(Cov[,i,]))
       iC<-inv(Cov[,i,])
       V[,i]<-apply(pixDF,1,function(x)(sdC*exp(-0.5*((x-Mean[i,])%*%iC%*%as.matrix((x-Mean[i,]))))))
    }

其中，在这种情况下， pixDF是一个包含 490000 行和 4 列的矩阵，其中填充了双精度数。 n = Cov是一个 (4,5,4) 数组，其中填充了“双精度”。 Mean是一个 (5,4) 数组，也填充了双精度数。

这个循环在我的电脑上大约需要 30 分钟。 （编辑前）。 现在需要1分钟。

Answer 1

正如 Ronak 所指出的，如果没有可重复的示例，就很难提供帮助。 但是，我认为可以避免apply 。 像这样的东西可以工作：

V <- array(NA, dim = c(nrow(pixDF), n))
tpixDF <- t(pixDF)
for (i in 1:n) {
  x <- Cov[, i, ]
  sdC <- sqrt(det(x))
  iC <- solve(x)
  mi <- Mean[i, ]
  k <- t(tpixDF - mi)
  V[, i] <- sdC*exp(-0.5*rowSums(k %*% iC * k))
}

此外，正如 Roland 提到的那样， inv可能是 equal solve 。