使用 purl 从 Rnw 文件中获取 a.Rmd 文件

Question

我在 .Rmd 文件中做了一些分析。 我现在想在我正在编写为 .Rnw 文件的报告中使用在此文件中创建的一些对象。 由于从 Sweave 切换到 knittr 作为编织引擎，会发生以下情况：

如果我在控制台中运行purl(input = 'myfile.Rmd', output = 'myfile.R')行，我会得到一个 .R 文件，该文件仅包含来自 05731237D6EE04 块的 ZE1E1D3D405731237D6EE0 这就是我想要的。 但是，如果我将此行放入 .Rnw 文件并编织它（即 .Rnw 文件），我最终会得到一个myfile.R并且没有错误，但它完全是空的（由于某种原因，除了一个换行符）。

我还尝试将knitr::opts_chunk$set(purl = TRUE)和knit_hooks$set(purl = hook_purl)放在 .Rmd 文件中，然后在 my.Rnw 文件中使用knit()而不是 purl purl() ，但是结果是一样的。

下面是一个小例子：

测试.Rnw

\documentclass{article}

\begin{document}

<<test>>=
  library(knitr)
  purl(input = 'test.Rmd', output = 'test.R')
@

\end{document}

测试.Rmd

```{r}
answer <- 42
```

预期 Output：

## ------------------------------------------------------------------------
answer <- 42

实际 output：

这个事情谁有经验？ 这是一个错误还是我错过了什么？ 谢谢您的帮助！

Answer 1

根据?purl ：

knitr将尝试根据输入文档的文件扩展名决定模式列表，例如Rnw文件使用列表apat$rnw ， tex使用列表apat$tex ， brew使用apat$brew和 HTML 文件使用apat$html

但显然，这并不是故事的全部。 请注意， purl本质上只是knit的包装。 我的猜想是，在编织 RNW 文档时，有一些全局选项集使knit只查找类似purl的模式，即使您从 RNW 文档中获取 RMD 文件也是如此。

要解决此问题，请通过在pat_md() purl()式设置 Markdown 模式。 之后，恢复以前的模式，以免干扰 RNW 文档的其余部分。

\documentclass{article}

\begin{document}

<<test>>=
  library(knitr)
  opat <- knit_patterns$get()
  pat_md()
  purl(input = 'test.Rmd', output = 'test.R')
  knit_patterns$set(opat)
@

\end{document}

Answer 2

@Cl. 的猜想是正确的。 function knitr::knit()引入了很多副作用，包括设置解析模式。 在这种情况下，我强烈建议您在单独的 R session 中运行 purl purl() 。 一种方法是改变

purl(input = 'test.Rmd', output = 'test.R')

至

xfun::Rscript_call(purl, list(input = 'test.Rmd', output = 'test.R'))

This makes sure purl() is called in a new R session that is (pretty much) independent of the current R session, so the parsing patterns set in the current R session will not affect the new R session's knitr::knit() call .