Python：读取vtk文件，添加数据集然后写入vtk

Question

我有一个现有的 vtk 文件（一个 FE 网格，正六面体网格），我想在 Python 中添加一个数据集。 具体来说，我想将此 numpy 数据集添加到每个节点，然后在 ParaView 中对其进行可视化。

关于如何开始这方面的任何提示？

Answer 1

VTK（以及扩展的 ParaView）具有很棒的 NumPy 集成工具。 有关这些的精彩概述，请参阅从改进的 VTK – numpy 集成开始的博客文章系列]。

重要的部分是：

• 您需要将 VTK 数据对象包装在适配器类中
• 您将 NumPy 数组添加到包装的数据集

勾勒出这一点，你可以写：

import vtk
from vtk.numpy_interface import dataset_adapter as dsa

dataSet = ...
numpyArray = ...
adaptedDataSet = dsa.WrapDataObject(dataSet)
dataSet.PointData.append(numpyArray, 'arrayname')

如果您的数据与单元格而不是点相关联，您可以将最后一行更改为

dataSet.CellData.append(numpyArray, 'arrayname')

您必须确保 NumPy 数组中的数据顺序与六面体网格中的点顺序匹配。

现在，您如何在 ParaView 中执行此操作？ 您可以添加一个可编程过滤器。 执行可编程过滤器上设置的脚本的 Python 环境已经为您完成了此包装，因此您可以将上面的脚本简化为：

# Shallow copy the input data to the output
output.VTKObject.ShallowCopy(inputs[0].VTKObject)

# Define the numpy array
numpyArray = ...

# Add the numpy array as a point data set
output.PointData.append(numpyArray, 'arrayName')

在上面的脚本中， output是由Programmable Filter生成的数据集的包装副本，使您不必手动进行包装。 您确实需要将输入对象浅复制到输出，如脚本所示。

Answer 2

谢谢你的协助。 这是我解决问题的方法：

import vtk
from vtk.numpy_interface import dataset_adapter as dsa

# Read in base vtk
fileName = "Original.vtk"
reader = vtk.vtkUnstructuredGridReader()
reader.SetFileName(fileName)
reader.Update()
mesh = reader.GetOutput()

# Add data set and write VTK file
meshNew = dsa.WrapDataObject(mesh)
meshNew.PointData.append(NewDataSet, "new data")
writer = vtk.vtkUnstructuredGridWriter()
writer.SetFileName("New.vtk")
writer.SetInputData(meshNew.VTKObject)
writer.Write()