用python读取.vtk文件

Question

我已经获得了一个遗留格式的vtk文件（我认为它是一个非结构化的网格），我想用python读取它并输出一个.npy文件，因为我知道如何处理它。

该文件是来自ATHENA的转储，因此具有密度，速度，磁场以及坐标。

我是一个程序员程序员，因此所有这些对象都令人困惑......

Answer 1

这是我提出的解决方案，诀窍是启用ReadAllVectorsOn（）。

import numpy
from vtk import vtkStructuredPointsReader
from vtk.util import numpy_support as VN

reader = vtkStructuredPointsReader()
reader.SetFileName(filename)
reader.ReadAllVectorsOn()
reader.ReadAllScalarsOn()
reader.Update()

data = reader.GetOutput()

dim = data.GetDimensions()
vec = list(dim)
vec = [i-1 for i in dim]
vec.append(3)

u = VN.vtk_to_numpy(data.GetCellData().GetArray('velocity'))
b = VN.vtk_to_numpy(data.GetCellData().GetArray('cell_centered_B'))

u = u.reshape(vec,order='F')
b = b.reshape(vec,order='F')

x = zeros(data.GetNumberOfPoints())
y = zeros(data.GetNumberOfPoints())
z = zeros(data.GetNumberOfPoints())

for i in range(data.GetNumberOfPoints()):
        x[i],y[i],z[i] = data.GetPoint(i)

x = x.reshape(dim,order='F')
y = y.reshape(dim,order='F')
z = z.reshape(dim,order='F')

Answer 2

meshio （我的一个项目）知道VTK格式，所以你可以简单地

pip install meshio

然后

import meshio
mesh = meshio.read('file.vtk')
# mesh.points, mesh.cells, ...

Answer 3

这是一个使用VTK Python SDK从VTK文件中将多边形数据读入numpy数组的脚本：

import sys

import numpy
import vtk

reader = vtk.vtkPolyDataReader()
reader.SetFileName(sys.argv[1])
reader.Update()

polydata = reader.GetOutput()

for i in range(polydata.GetNumberOfCells()):
   pts = polydata.GetCell(i).GetPoints()    
   np_pts = numpy.array([pts.GetPoint(i) for i in range(pts.GetNumberOfPoints())])
   print np_pts

Answer 4

你尝试过使用paraview吗？ （http://www.paraview.org/）它可以让您直观地了解幕后发生的事情，并可以通过多种不同的方式输出文件。 我建议这样做，因为我不知道你的数据是什么样的。 http://www.vtk.org/Wiki/VTK/Examples/Python也可能有一个可能适合你的账单的例子。 就个人而言，我有一个带有paraview的游戏并从那里开始。

Answer 5

应该提到的是，在其最新版本中，yt项目http://yt-project.org/包含对ATHENA的支持，这意味着无论如何这都是使用python分析模拟数据的方法。

Answer 6

以下是从传统VTK文件中读取点的简短代码段：

import numpy as np
import vtk

filename = 'model.vtk'

reader = vtk.vtkGenericDataObjectReader()
reader.SetFileName(filename)
reader.Update()

points = np.array( reader.GetOutput().GetPoints().GetData() )

可变points是（N，2）或（N，3）阵列，其中N是点数。