Docker 中的 R、Python、rpy2 和 drc 包

Question

我正在尝试构建一个 docker 映像来执行一个 python 进程，该进程调用（使用 rpy2）来自 R 的包drc 。

我正在使用amazonlinux docker映像并使用drc我有以下几行通过conda安装它：

RUN conda install -c r rpy2=2.9.4 --yes
RUN conda install -c conda-forge r-drc=3.0_1 --yes

通过镜像构建，我进入了一个正在运行的容器：

docker run -it --entrypoint bash mydockerName

当我通过R进入 R 时，它会抛出下一个错误：

Error: package or namespace load failed for 'utils':
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: system(paste(which, shQuote(names[i])), intern = TRUE, ignore.stderr = TRUE)
  error: error in running command
Error: package or namespace load failed for 'stats':
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: system(paste(which, shQuote(names[i])), intern = TRUE, ignore.stderr = TRUE)
  error: error in running command
During startup - Warning messages:
1: package 'utils' in options("defaultPackages") was not found
2: package 'stats' in options("defaultPackages") was not found

我最近几天一直在谷歌搜索，但没有可能的解决方案......

非常感谢！

西维

Answer 1

rpy2 项目具有可以构成起点的图像。 虽然没有使用conda 。 https://github.com/rpy2/rpy2-docker

如果conda是必要的，看，例如，用jupyter项目管理的图像。

Answer 2

我通过安装“which”修复了不同容器类型中的类似问题。 这个包经常从 linux 环境中省略，因为有“更好”的替代品。 但是，R 包编写者通常仍然依赖于“哪个”。 因此，搞清楚如何安装这个在你的容器，它可以解决这个问题。