具有两个不同颜色键的热图，带有 heatmap.2() function

Question

块引用

我试图弄清楚如何获得具有两个不同颜色键的热图：一个用于我的值（属于我的矩阵“df1”的第一列和第二列），另一个用于我的 pvalue（由两者之间的差异决定）我的第一列和第二列）。 我总共有 50 个不同的观察结果（50 行和 3 列）。 有没有人知道如何使用不同颜色 map 的 pvalue 列 plot ？

这就是我的代码的样子：

df1<-as.matrix(df)
yb<-colorRampPalette(c("lightcyan","darkblue", "red"))
heatmap.2(df1,
      trace=NULL,         
      margins = c(2,20),
      colsep = c(1,2,3),
      col=yb,
      tracecol = NULL,
      key.title = NA,
      cexCol = 1,
      srtCol = 0,
      adjCol = 1,
      sepcolor="black",
      sepwidth=c(0.0001,0.001),
      rowsep=1:nrow(df1),
      Colv = FALSE,
      keysize = 1,
      key.xlab = "Normalized plaques count",
      key.ylab = NA)

Answer 1

我不确定这是heatmap2的预期用途 - 看来您确实需要两个不同的图。 一个 plot 中的值和另一个中的 p 值。 您需要自定义我认为 plot 的代码（无论如何这不会是正确的），我怀疑这会比它的价值更麻烦。 有些东西在图形编辑器中更容易，除非你打算制作很多这样的东西。