如何在 Linux (Red Hat/CentOS) 上更新到特定的 R 版本，保持以前的版本？

Question

也许更准确的标题是：“如何在 ZEDC9F0A5A5D57797BF68E373647438 上从就地 (EPEL) R 切换到并排（特定于版本）R 安装？

一个（可能是典型的）在 Linux 故事上升级 R...

历史：

在过去的某个时候，我使用当时由yum package 管理器下拉的默认版本在我们的 RHEL/CentOS 7 服务器上更新了 R 的版本。 例如，在 2019 年初的某个时间点sudo yum install R到版本 3.5.2。默认情况下，这会在/usr/lib64/R为所有用户安装 R，并完全替换之前安装的 3.4.x 版本。 Shiny 服务器已经安装，配置为以用户shiny运行，它顺利地拿起了新版本的 R。

情况：

一年后，现在是时候硬着头皮更新在 Linux 服务器上运行的 R 版本了。 运行yum check-upgrade R发现可用的版本是3.6.0。 我实际上想安装 3.6.3 并且我不想破坏我在 3.5.2 上运行的所有应用程序，所以我需要使用不同的方法。 按照https://docs.rstudio.com/resources/install-r/中的说明下载 3.6.3.rpm 文件并安装它。 默认情况下，这会将 R 安装在/opt/R/3.6.3/ ，保留 3.5.2 版本。 但是，一旦我完成了Create a symlink to R步骤，我的 shiny 应用程序都不起作用：

sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/R /usr/local/bin/R  
sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/Rscript /usr/local/bin/Rscript  

这应该不足为奇。 我的 shiny 应用程序都依赖于几个 R 软件包，这些软件包尚未为这个新版本的 R 安装。 通过删除这些符号链接，我可以快速让我的应用程序在以前的版本 (3.5.2) 上再次运行，直到我在新版本中安装了必要的软件包：

sudo rm /usr/local/bin/R  
sudo rm /usr/local/bin/Rscript 

我的 shiny 应用程序日志文件（位于/var/log/shiny-server/<app name>-<user>-<datetime>.log ）中的错误消息确认应用程序由于缺少软件包而无法启动。 要更新共享库文件夹中的 R 包，我需要以 sudo 运行新版本的 R： sudo -i /opt/R/3.6.3/bin/R并安装必要的包，例如install.packages(c("shiny","devtools","rmarkdown","shinydashboard","tidyverse"))在 R 中。

现在安装了 R 包，我可以重新创建符号链接：

sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/R /usr/local/bin/R  
sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/Rscript /usr/local/bin/Rscript  

我确认我的应用程序正在使用新版本的 R。

现在我有一些问题：

问题1：完成这些步骤后， R --version仍然返回旧版本（3.5.2）。 但是当我第二天重新登录时，它会打开 3.6.3。 为什么？ 我是否需要运行终端命令来获取R --version以立即返回新版本，还是打开新终端 window 是实现此目的的唯一方法？

问题 2：运行sudo R --version总是返回旧版本（3.5.2）。 运行sudo which R返回/bin/R 。 运行more /bin/R会显示 state 的内容，它是“R 可执行文件的外壳包装器”。 并具有硬编码的“/usr/lib64/R”路径。 我认为此时我不需要这个包装器。 让这些 sudo 命令指向新版本的推荐方法是什么？

为了以防万一，我可以在我的主目录（例如cp /bin/R ~/binR.backup ）中制作这个文件的备份副本，然后：

• 删除 /bin/R?
• 将 /bin/R 替换为新版本的符号链接（例如sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/R /bin/R ）？
• 使用 a.rpm 将“旧”版本重新安装到/opt/R/3.5.2/中，就像我安装 3.6.3 一样，在那里安装软件包，然后删除/usr/lib64/R版本（例如， sudo yum remove R ）？

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我看过但没有回答我的问题的类似问题的链接：

1. 如何在 Linux 中升级 R
2. 更改 Linux 中的路径
3. 如何在 Linux 中加载特定版本的 R

Answer 1

问题 1：我不知道为什么，但是在 PATH 上有多个版本的 R 可能会导致这样的意外情况。 /usr/local/bin通常在 PATH 中位于/usr/bin之前，所以我预计会找到 R 3.6.3。 也许它与问题2有关。

问题 2：一些发行版（如 CentOS/RHEL）在使用 sudo 时默认不会将/usr/local/bin放在 PATH 上。 有关详细信息，请参阅https://unix.stackexchange.com/questions/8646/why-are-path-variables-different-when-running-via-sudo-and-su 。 那里的答案描述了几种在使用 sudo 时将/usr/local/bin添加到 PATH 的方法——例如，修改/etc/sudoers中的secure_path以包含/usr/local/bin ，例如：

Defaults    secure_path = /usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin

R 3.6.3 在默认系统 R 之前，您不必删除/bin/R或/usr/bin/R 。 但最终，我建议使用https://docs.rstudio.com/resources/install以相同的方式安装多个并排版本的 R。 下次安装新的 R 版本时，只需替换/usr/local/bin中的符号链接即可。 默认系统 R（来自 EPEL）意味着是系统上唯一的 R，具有就地升级。

If you want to replace the default R 3.5.2 with a side-by-side R 3.5.2 (or 3.5.3), you could install R 3.5 from https://docs.rstudio.com/resources/install-r / ，安装所有必要的软件包，并让 Shiny 服务器使用新的 R 3.5。 然后从 EPEL（ R-core或R-core-devel ）卸载 R 以完全切换。 从那里，您甚至可以在/usr/bin而不是/usr/local/bin中创建指向 R 的符号链接，而不必担心将/usr/local/bin添加到 sudo PATH。