如何使用 Python 脚本将 JSON 数据转换为蛋白质数据库 (PDB)？

Question

我想使用 Python 脚本将我的 JSON 数据转换为蛋白质数据库 (PDB) 格式。 我能够将它们转换为 CSV，但是我无法将它们转换为 PDB 格式。 将 JSON 数据或 CSV 转换为蛋白质数据库 (PDB) 的任何帮助将不胜感激？ 谢谢。

Answer 1

您可以使用PDB 工具

否则，我认为没有 python 库可以执行此任务。 您将需要使用来自https://convertio.co/xls-pdb/ 之类的网站的在线 api 。 他们的 api 位于https://developers.convertio.co/ 。 我刚刚看到它没有简单的 python 访问，只有 cli 支持。 因此，在这种情况下，您需要通过子进程运行 api 请求。

编辑：

读数： Pandas 多索引 DataFrame

csv 可以加载到 pandas 并转换为制表符分隔表。 我是在看到这个Link 1 Link 2后才说的。

df = pd.read_csv(...)
df.to_csv("myfile.pdb" , sep="\t") 

可能会奏效。 如果失败，则df.to_csv("myfile.csv", sep="\t")并从.csv重命名为.pdb可能会起作用。

看看这个 biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec177。 否则，剩下的唯一选择是在记事本文件中手动制作所有这些缩进（可以以编程方式完成），然后将其另存为.pdb