[英]Heatmap with K Clusters and RowName Annotation
我有一个看起来像这样的数据框,带有基因名称、基因家族和 Log2Fold Changes 。 我能够将折叠变化放入热图中,但想仅使用基因家族注释行(在热图右侧),同时还在整个热图中进行 K 均值聚类(制作 5 个聚类)。 这在 ComplexHeatmap 中可能吗? 我附上了我的数据框:
tf.logs
Name 0dpi 1dpi 7di 14dpi 22dpi
Gene1 MYB 1 2 3 4 5
Gene2 WRKY 4 3 6 5 11
Gene3 ERF 3 4 5 66 2
Gene4 bZIP 3 4 5 6 6
Gene5 EFR 4 4 4 4 4
我的热图代码是这样的:
heat.gen = Heatmap(tf.log, width = unit(4, "cm"), km = 6
cluster_columns = F,
show_row_names = F,
row_gap = unit(1.25, "mm"),
row_title_gp = gpar(fontfamily = "sans", fontsize = 8, fontface = "bold"),
name = "Log2FC",
column_title = "Resistant - Susceptible",
column_title_gp = gpar(fontfamily = "sans", fontsize = 16),
col = colorRamp2(c(-4,0,4), colors = c("dodgerblue2", "cornsilk", "firebrick1")))
我还有一个包含基因名称和家族的数据框:
Family
Gene1 MYB
Gene2 WRKY
Gene3 ERF
Gene4 bZIP
Gene5 EFR
不确定ComplexHeatmap
但使用pheatmap
包很容易。 只需将注释数据帧提供为annotation_row
。 您可以对行和列进行聚类。
我已经使用了这两个软件包, pheatmap
个人更喜欢pheatmap
。
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