将集群关联到热图

Question

我有两个单独的数据框，其中一个我已经从第一个 dataframe 创建了一个热图，但是我想添加一个侧边栏，指示基因实际上与之相关的家族类型。

Dataframe 1

BGC1     BGC2    Distance
-----------------------------------------------
BGC31     BGC34     0.6
BGC34     BGC45     0.7
BGC34     BGC53     0.2
BGC53     BGC31     0.8

数据框2

BGC1     Association  
----------------------------------
BGC31     Skin Cancer
BGC34     Skin Cancer     
BGC34     Lung Cancer     
BGC53     Liver Cancer

热图创建：

p3 <- heatmap.3(comat, scale = "none", trace = "none", col = color,  main="GCF Co-Occurrence Map"
                ,lhei=c(0.5,1),  keysize=0.5, cexRow = 0.60, cexCol = 0.65)

我正在寻找这样的东西，其中每种颜色代表一种与特定基因 class 相关的基因簇：

Answer 1

查看 heatmaply 手册中的“使用 RowSideColors 添加基于其他因素的注释”部分：

https://talgalili.github.io/heatmaply/articles/heatmaply.html#adding-annotation-based-on-additional-factors-using-rowsidecolors

x  <- as.matrix(datasets::mtcars)
rc <- colorspace::rainbow_hcl(nrow(x))

heatmaply(
  x[, -c(8, 9)],
  seriate = "mean",
  col_side_colors = c(rep(0, 5), rep(1, 4)),
  row_side_colors = x[, 8:9]
)

结果：