[英]How to find the first extremum in 2D array of x,y points?
我有一组点x_i, y_i
表示不是双射映射(没有一一对应。见附图:
(不要注意第二行。它只是显示一个中心质量)。 我试图找到它的第一个峰值(如您所见,它发现不正确)。 代码如下。 在这里,我按 Ox 轴对点进行排序,然后使用find_peaks
函数:
# sort points by X axis
aa = zip(x,y)
bb = sorted(aa, key=lambda x: (x[0], x[1]))
x,y = zip(*bb)
x = np.array(x)
y = np.array(y)
# find all peaks
peaks, props = find_peaks(y, prominence=0.01, height=0.4)
print('rmax candidates=', y[peaks])
rmax = y[peaks[0]] # first peak is not correct
我注意到这里的排序处理不正确。 如果我只绘制y
数组,那么我会看到图片: . 我们看到的“齿轮非常锋利”。
因此,如何以最接近的方式对点进行排序(如果我可以设置一个起点)。 对于人类来说,在图形上画一条线是一件容易的事,但如何为计算机开发算法呢? 我知道Online Digitizer 中已经使用了类似的算法。 可以轻松提取图形中的点坐标。
也许你有更好的算法来找到第一个峰值? 如果您有任何问题,请问我。
数据可以在这里找到:
可以给出以下想法:
读取文件并将数据放入二维 NumPy 数组中。
arr = []
with open(str(Path('example.csv'))) as csv_file:
reader = csv.reader(csv_file, delimiter=',')
for row in reader:
arr.append([float(row[0]),float(row[1])])
arr = np.array(arr)
由于数据是无序的,因此当我们随后连接点时,我们会观察到一个丑陋的图。
fig0 = go.Figure(go.Scatter(x=arr[:,0],y=arr[:,1], mode='lines'))
fig0.show()
为了获得合适的图片,我们需要从某个起点对点进行排序,以便仅连接最近的点
arx, x0, xmin, xmax = sort_by_nearest(arr)
x = arx[:,0]
y = arx[:,1]
排序后的数据y
看起来像: 并且非双射行为消失了,我们可以使用
find_peaks
函数轻松找到仅y
数据的第一个峰值。 prominence
是从一个峰到下一个峰的下降和上升的最小高度。 因此,小的嘈杂峰将被丢弃。 height
负责一个参数,其中仅在y>height
区域中搜索峰值
peaks, props = find_peaks(y, prominence=0.01, height=0.4)
这里我们有几个候选人
print('rmax candidates=', y[peaks])
当然,我们取第一个
rmax = y[peaks[0]]
x_rmax = x[peaks[0]] - x0
fig0 = go.Figure(go.Scatter(y=arx[:,1], mode='lines'))
fig0.show()
fig0 = go.Figure(go.Scatter(x=arx[:,0]-x0, y=arx[:,1], name='my_line', mode='lines'))
fig0.add_trace(go.Scatter(x=[x_rmax,x_rmax], y=[0,0.5], name='peak coord', mode='lines', line=dict(color='black', width=2, dash='dot')))
fig0.show()
让我们专注于按邻居对数据进行排序的算法。
import pandas as pd
import numpy as np
import plotly.graph_objects as go
import csv
from scipy.signal import find_peaks
import scipy.spatial.distance as ds
from pathlib import Path
搜索最近点的函数很棘手,我们需要以某种方式标记已经观察到的点以避免无限循环。 我们只是通过大数字修改点坐标来做到这一点 数组arr_full
的副本
def closest_point(arr_full, xi, yi, inds):
N = arr_full.shape[0]
arr_full[inds] = 1e+30
dist = (arr_full[:, 0] - xi)**2 + (arr_full[:, 1] - yi)**2
i_min = dist.argmin()
#returns an index of the nearest point and its coordinate
return i_min, arr_full[i_min][0], arr_full[i_min][1]
def sort_by_nearest(arr):
N = arr.shape[0]
nearest_point = [None]*N
#find initial point
xmin = min(arr[:,0])
xmax = max(arr[:,0])
# we copy the original array
arr_cut = np.copy(arr)
# the area in which we are 100% sure in absence of the starting point we flag by big value
arr_cut[arr[:,0] > 0.5*(xmin + xmax)] = 10e+30
iymin = arr_cut[:,1].argmin()
# the staring points are
x0, y0 = arr[iymin, 0], arr[iymin, 1]
# we initialize the sorted value nearest_point
nearest_point[0] = [arr[iymin,0],arr[iymin,1]]
print('Starting point:', x0, y0)
# we put in it the indices of visited points
observed = [iymin]
i_min = iymin
for i in range(1,N):
xi, yi = arr[i_min]
i_min, xip, yip = closest_point(arr, xi, yi, i_min)
nearest_point[i] = [xip, yip]
observed.append(i_min)
nearest_point = np.array(nearest_point)
return np.array(nearest_point), x0, xmin, xmax
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