Python 删除由数据框列组成的列表列表中的外部引号

Question

我有一个名为 positive_samples 的 Pandas 数据框，它有一个名为 Gene Class 的列，它基本上是一对存储为列表的基因。 它看起来像下面

整个数据框看起来像这样。

.

所以基因类列只是数据框中其他两列的组合。 我使用如下所示的基因类列制作了一个列表。 这将获取所有基因对列表并将它们整合到一个列表中。

   #convert the column to a list
   postive_gene_pairs = positive_samples["Gene Class"].tolist()

这是输出。

现在每对都用双引号括起来，这是我不想要的，因为我遍历这个列表并使用 .loc 方法在另一个名为 new_expression 的数据框中定位这些对，该数据帧将它们作为这样的索引

for positive_gene_pair in positive_gene_pairs:
    print(new_expression_df.loc[[positive_gene_pair],"GSM144819"])

这会引发一个关键错误。

并且这肯定是因为每对都包含额外的引号，因为当我实例化一个如下所示的列表时，没有引号它工作得很好。

所以我的问题是如何删除额外的引号以使其与 .loc 一起使用？ 要创建一个如下所示的列表，但是来自数据框列？。

pairs = [['YAL013W','YBR103W'],['YAL011W','YMR263W']]

我尝试了很多解决方法，如替换、剥离，但没有一个对我有用，理想情况下它们适用于字符串，但我试图让它们在列表上工作，有什么简单的解决方案吗？ 我只想有一个像这个对列表这样的列表，它没有额外的单引号或双引号。

Answer 1

定义一个函数：

def listup(initlist):
    # Converting string to list 
    res = ini_list.strip('][').split(', ') 
    
    return res

从改变

postive_gene_pairs = positive_samples["Gene Class"].tolist()

到

postive_gene_pairs = positive_samples["Gene Class"].apply(listup).tolist()

Answer 2

首先将字符串列表转换为列表：

import ast

postive_gene_pairs = positive_samples["Gene Class"].apply(ast.literal_eval).tolist()

然后删除[] ：

for positive_gene_pair in positive_gene_pairs:
    print(new_expression_df.loc[[positive_gene_pair],"GSM144819"])

到：

for positive_gene_pair in positive_gene_pairs:
    print(new_expression_df.loc[positive_gene_pair,"GSM144819"])