Python 刪除由數據框列組成的列表列表中的外部引號

Question

我有一個名為 positive_samples 的 Pandas 數據框，它有一個名為 Gene Class 的列，它基本上是一對存儲為列表的基因。 它看起來像下面

整個數據框看起來像這樣。

.

所以基因類列只是數據框中其他兩列的組合。 我使用如下所示的基因類列制作了一個列表。 這將獲取所有基因對列表並將它們整合到一個列表中。

   #convert the column to a list
   postive_gene_pairs = positive_samples["Gene Class"].tolist()

這是輸出。

現在每對都用雙引號括起來，這是我不想要的，因為我遍歷這個列表並使用 .loc 方法在另一個名為 new_expression 的數據框中定位這些對，該數據幀將它們作為這樣的索引

for positive_gene_pair in positive_gene_pairs:
    print(new_expression_df.loc[[positive_gene_pair],"GSM144819"])

這會引發一個關鍵錯誤。

並且這肯定是因為每對都包含額外的引號，因為當我實例化一個如下所示的列表時，沒有引號它工作得很好。

所以我的問題是如何刪除額外的引號以使其與 .loc 一起使用？ 要創建一個如下所示的列表，但是來自數據框列？。

pairs = [['YAL013W','YBR103W'],['YAL011W','YMR263W']]

我嘗試了很多解決方法，如替換、剝離，但沒有一個對我有用，理想情況下它們適用於字符串，但我試圖讓它們在列表上工作，有什么簡單的解決方案嗎？ 我只想有一個像這個對列表這樣的列表，它沒有額外的單引號或雙引號。

Answer 1

定義一個函數：

def listup(initlist):
    # Converting string to list 
    res = ini_list.strip('][').split(', ') 
    
    return res

從改變

postive_gene_pairs = positive_samples["Gene Class"].tolist()

到

postive_gene_pairs = positive_samples["Gene Class"].apply(listup).tolist()

Answer 2

首先將字符串列表轉換為列表：

import ast

postive_gene_pairs = positive_samples["Gene Class"].apply(ast.literal_eval).tolist()

然后刪除[] ：

for positive_gene_pair in positive_gene_pairs:
    print(new_expression_df.loc[[positive_gene_pair],"GSM144819"])

到：

for positive_gene_pair in positive_gene_pairs:
    print(new_expression_df.loc[positive_gene_pair,"GSM144819"])