Windows 上的 IPython 无法导入 geopandas

Question

我得到一个

导入错误：DLL 加载失败：找不到指定的过程。

尝试在 python 3.6 中导入 geopandas 时出错。 具体来说，我在使用 ipython 时出现错误，但在使用 python 时却没有。 此外，这会影响 Windows（Windows Server 2016 虚拟机）而不是 Linux。 我已经找到了一些以前的帖子，或者非常相似的问题，但我拒绝它们的适用性，因为它们要么没有明确解决问题，要么将其与 pip 安装混为一谈。

这正从两年前T，例如，报告了类似的错误，但有总结说：“没关系，我做了一个点子安装geopandas的”。

尽管最初的海报评论说它对他们不起作用，但几年前的这篇帖子得到了公认的答案！ 提到了 GeoffBoeing 的一篇博客文章，我之前看到它提供了一种工作方法，尽管该博客文章提供了不止一种方法（conda 安装和更手动的步骤序列）并且评论没有说明什么有效为他们。

近两年半前的这篇文章将 conda 和 pip 安装方法混为一谈，但没有公认的答案。 评论中有一个建议，对于评论者来说，这是 conda-forge 上 gdal 的问题。 有一个答案再次引用了 GeoffBoeing 的博文。 这意味着通过 conda 安装 gdal 可能会出现问题，如果是，则需要手动执行步骤序列。 我不相信这是我的问题。

我的问题特别出现在 Windows Server 2016 虚拟机上，并且仅在指定 conda-forge 通道时出现。 此外，相关地，它只出现在 ipython（以及 Jupyter notebooks）中，而不出现在 python 中，因此：

创建指定 conda 默认通道的环境，指定 python 3.6、ipython 和 geopandas：

conda create -n test36_defaults -c defaults python=3.6 ipython geopandas

激活该环境：

(test36_2) C:\Users\guy.maskall>conda activate test36_defaults

启动 ipython 内核并导入 geopandas：

(test36_defaults) C:\Users\guy.maskall>ipython
Python 3.6.12 |Anaconda, Inc.| (default, Sep  9 2020, 00:29:25) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)]
Type "copyright", "credits" or "license" for more information.

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help      -> Python's own help system.
object?   -> Details about 'object', use 'object??' for extra details.

In [1]: import geopandas as gpd

In [2]:
Do you really want to exit ([y]/n)?

进口没问题。

同样，启动直接的 python 解释器：

(test36_defaults) C:\Users\guy.maskall>python
Python 3.6.12 |Anaconda, Inc.| (default, Sep  9 2020, 00:29:25) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)] on win32
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import geopandas as gpd
>>>

那进口的也行。

现在创建另一个仅指定 conda-forge 的环境：

conda create -n test36_cforge -c conda-forge python=3.6 ipython geopandas

激活环境并再次加载 ipython 以导入 geopandas：

(test36_cforge) C:\Users\guy.maskall>ipython
Python 3.6.11 (default, Aug  5 2020, 19:41:03) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)]
Type "copyright", "credits" or "license" for more information.

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help      -> Python's own help system.
object?   -> Details about 'object', use 'object??' for extra details.

In [1]: import geopandas as gpd
---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-a62d01c1d62e> in <module>()
----> 1 import geopandas as gpd

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\geopandas\__init__.py in <module>()
      5 from geopandas.array import points_from_xy  # noqa
      6
----> 7 from geopandas.io.file import _read_file as read_file  # noqa
      8 from geopandas.io.arrow import _read_parquet as read_parquet  # noqa
      9 from geopandas.io.arrow import _read_feather as read_feather  # noqa

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\geopandas\io\file.py in <module>()
      5 import pandas as pd
      6
----> 7 import fiona
      8 import pyproj
      9 from shapely.geometry import mapping

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\__init__.py in <module>()
     84 import fiona._loading
     85 with fiona._loading.add_gdal_dll_directories():
---> 86     from fiona.collection import BytesCollection, Collection
     87     from fiona.drvsupport import supported_drivers
     88     from fiona.env import ensure_env_with_credentials, Env

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\collection.py in <module>()
      9 with fiona._loading.add_gdal_dll_directories():
     10     from fiona import compat, vfs
---> 11     from fiona.ogrext import Iterator, ItemsIterator, KeysIterator
     12     from fiona.ogrext import Session, WritingSession
     13     from fiona.ogrext import buffer_to_virtual_file, remove_virtual_file, GEOMETRY_TYPES

ImportError: DLL load failed: The specified procedure could not be found.

In [2]:
Do you really want to exit ([y]/n)?

所以这在 ipython 中失败了。 现在尝试使用直接的python：

(test36_cforge) C:\Users\guy.maskall>python
Python 3.6.11 (default, Aug  5 2020, 19:41:03) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)] on win32
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import geopandas as gpd
>>>

那个有效。

上述 SO 帖子中的答案之一重点介绍了 GDAL、Fiona、pyproj、rtree 和 shapely。 比较上面两个环境之间conda list的输出，我得到了完全相同的版本。 除了 rtree 之外，所有的都具有相同的构建。 所以我有：

gdal                      3.1.4            py36h214b664_0    conda-forge  
fiona                     1.8.17           py36hdef4c2b_1 conda-forge  
pyproj                    2.6.1.post1      py36hfcef96e_3 conda-forge  
shapely                   1.7.1            py36h6dc46f0_1 conda-forge

和

rtree                     0.9.4            py36h9a6d676_1    conda-forge

（与不起作用的环境相关）vs

rtree                     0.9.4            py36h21ff451_1

（在确实有效的环境中）。

令我感到困惑的是，尽管有些帖子暗示了 gdal，并且我上面的错误输出暗示了 fiona 加载 gdal（我认为），但两种环境似乎都具有完全相同的 gdal 和 fiona 版本和构建，并且错误仅发生在 ipython 中内核而不是python。

能够轻松复制环境对我来说很重要，因此首选 conda。 除了简单地加载 geopandas 之外，我还有其他要求。 例如，我使用datacube，它推荐python 3.6。 我以前运行的是更高版本的 python，我想启动并运行 python 3.6 环境，以便我可以看看这是否解决了我遇到的另一个问题。 我想缩小导致此错误的范围，因为我希望能够轻松编辑我的 conda env yaml 以尝试不同的环境，并且我可能需要指定多个通道作为一个嫌疑人（针对另一个问题）是 prompt-toolkit ，它似乎只在 esrf-bcu 频道低于 3 的版本中可用，但那是另一回事了。

所以谁能帮忙指点一下

究竟是什么包/版本/构建可能导致这种情况？
究竟为什么，即使在问题环境中，它也只影响 ipython？

python 版本有一个小的差异（3.6.11 失败，3.6.12 成功），这是我可以探索的东西，但这仍然让我的问题是为什么 ipython 与 python 之间存在差异。

在其他新闻中，我讨厌 Windows。

导入 fiona 和 DLL 路径

2020 年 11 月 2 日更新由于错误似乎集中在 fiona 上，我将其归结为仅此而已。 在 anaconda 提示符 shell 中，我运行set PYTHONVERBOSE=1 ，然后加载 ipython 并尝试导入 fiona：

In [1]: import fiona
# C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\__pycache__\__init__.cpython-36.pyc matches C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\__init__.py
# code object from 'C:\\Users\\guy.maskall\\anaconda3\\envs\\test36_cforge\\lib\\site-packages\\fiona\\__pycache__\\__init__.cpython-36.pyc'
# C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\__pycache__\_loading.cpython-36.pyc matches C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\_loading.py
# code object from 'C:\\Users\\guy.maskall\\anaconda3\\envs\\test36_cforge\\lib\\site-packages\\fiona\\__pycache__\\_loading.cpython-36.pyc'
import 'fiona._loading' # <_frozen_importlib_external.SourceFileLoader object at 0x0000020344DC0C88>
# C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\__pycache__\socket.cpython-36.pyc matches C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\socket.py
# code object from 'C:\\Users\\guy.maskall\\anaconda3\\envs\\test36_cforge\\lib\\__pycache__\\socket.cpython-36.pyc'
# extension module '_socket' loaded from 'C:\\Users\\guy.maskall\\anaconda3\\envs\\test36_cforge\\DLLs\\_socket.pyd'
# extension module '_socket' executed from 'C:\\Users\\guy.maskall\\anaconda3\\envs\\test36_cforge\\DLLs\\_socket.pyd'
import '_socket' # <_frozen_importlib_external.ExtensionFileLoader object at 0x0000020344DCED30>
# C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\__pycache__\selectors.cpython-36.pyc matches C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\selectors.py
# code object from 'C:\\Users\\guy.maskall\\anaconda3\\envs\\test36_cforge\\lib\\__pycache__\\selectors.cpython-36.pyc'
import 'selectors' # <_frozen_importlib_external.SourceFileLoader object at 0x0000020344DD9358>
import 'socket' # <_frozen_importlib_external.SourceFileLoader object at 0x0000020344DCE198>
# C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\__pycache__\collection.cpython-36.pyc matches C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\collection.py
# code object from 'C:\\Users\\guy.maskall\\anaconda3\\envs\\test36_cforge\\lib\\site-packages\\fiona\\__pycache__\\collection.cpython-36.pyc'
# C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\__pycache__\compat.cpython-36.pyc matches C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\compat.py
# code object from 'C:\\Users\\guy.maskall\\anaconda3\\envs\\test36_cforge\\lib\\site-packages\\fiona\\__pycache__\\compat.cpython-36.pyc'
import 'fiona.compat' # <_frozen_importlib_external.SourceFileLoader object at 0x0000020344DE76D8>
# C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\__pycache__\vfs.cpython-36.pyc matches C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\vfs.py
# code object from 'C:\\Users\\guy.maskall\\anaconda3\\envs\\test36_cforge\\lib\\site-packages\\fiona\\__pycache__\\vfs.cpython-36.pyc'
import 'fiona.vfs' # <_frozen_importlib_external.SourceFileLoader object at 0x0000020344DE7780>
---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-4c762272c079> in <module>()
----> 1 import fiona

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\importlib\_bootstrap.py in _find_and_load(name, import_)

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\importlib\_bootstrap.py in _find_and_load_unlocked(name, import_)

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\importlib\_bootstrap.py in _load_unlocked(spec)

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\importlib\_bootstrap_external.py in exec_module(self, module)

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\importlib\_bootstrap.py in _call_with_frames_removed(f, *args, **kwds)

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\__init__.py in <module>()
     84 import fiona._loading
     85 with fiona._loading.add_gdal_dll_directories():
---> 86     from fiona.collection import BytesCollection, Collection
     87     from fiona.drvsupport import supported_drivers
     88     from fiona.env import ensure_env_with_credentials, Env

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\importlib\_bootstrap.py in _find_and_load(name, import_)

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\importlib\_bootstrap.py in _find_and_load_unlocked(name, import_)

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\importlib\_bootstrap.py in _load_unlocked(spec)

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\importlib\_bootstrap_external.py in exec_module(self, module)

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\importlib\_bootstrap.py in _call_with_frames_removed(f, *args, **kwds)

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\collection.py in <module>()
      9 with fiona._loading.add_gdal_dll_directories():
     10     from fiona import compat, vfs
---> 11     from fiona.ogrext import Iterator, ItemsIterator, KeysIterator
     12     from fiona.ogrext import Session, WritingSession
     13     from fiona.ogrext import buffer_to_virtual_file, remove_virtual_file, GEOMETRY_TYPES

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\importlib\_bootstrap.py in _find_and_load(name, import_)

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\importlib\_bootstrap.py in _find_and_load_unlocked(name, import_)

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\importlib\_bootstrap.py in _load_unlocked(spec)

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\importlib\_bootstrap.py in module_from_spec(spec)

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\importlib\_bootstrap_external.py in create_module(self, spec)

C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\importlib\_bootstrap.py in _call_with_frames_removed(f, *args, **kwds)

ImportError: DLL load failed: The specified procedure could not be found.

但是然后退出 ipython 并直接启动 python 并尝试导入 fiona，我得到了更多的输出（为您节省了所有这些，但专注于 ipython 似乎可以摆脱的部分）：

...

import 'fiona.compat' # <_frozen_importlib_external.SourceFileLoader object at 0x00000289AC978470>
# C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\__pycache__\vfs.cpython-36.pyc matches C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\vfs.py
# code object from 'C:\\Users\\guy.maskall\\anaconda3\\envs\\test36_cforge\\lib\\site-packages\\fiona\\__pycache__\\vfs.cpython-36.pyc'
import 'fiona.vfs' # <_frozen_importlib_external.SourceFileLoader object at 0x00000289AC997550>
# extension module 'fiona.ogrext' loaded from 'C:\\Users\\guy.maskall\\anaconda3\\envs\\test36_cforge\\lib\\site-packages\\fiona\\ogrext.cp36-win_amd64.pyd'
# extension module 'fiona._geometry' loaded from 'C:\\Users\\guy.maskall\\anaconda3\\envs\\test36_cforge\\lib\\site-packages\\fiona\\_geometry.cp36-win_amd64.pyd'
# extension module 'fiona._err' loaded from 'C:\\Users\\guy.maskall\\anaconda3\\envs\\test36_cforge\\lib\\site-packages\\fiona\\_err.cp36-win_amd64.pyd'
# extension module 'fiona._err' executed from 'C:\\Users\\guy.maskall\\anaconda3\\envs\\test36_cforge\\lib\\site-packages\\fiona\\_err.cp36-win_amd64.pyd'
import 'fiona._err' # <_frozen_importlib_external.ExtensionFileLoader object at 0x00000289AC9EE7F0>
# C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\__pycache__\errors.cpython-36.pyc matches C:\Users\guy.maskall\anaconda3\envs\test36_cforge\lib\site-packages\fiona\errors.py
# code object from 'C:\\Users\\guy.maskall\\anaconda3\\envs\\test36_cforge\\lib\\site-packages\\fiona\\__pycache__\\errors.cpython-36.pyc'
import 'fiona.errors' # <_frozen_importlib_external.SourceFileLoader object at 0x00000289AC9EEFD0>

...

这是潜入我真的不熟悉的胆量！ 但似乎我可以放心地说几件事：

ipython 和 python 都从同一路径导入（如您所愿）
在 ipython 退出后，python 报告/评论关于加载扩展模块 fiona.ogrext，这是回溯中报告的最后一个错误
此外，该错误在 fiona._loading.add_gdal_dll_directories() 的上下文中，表明它与 DLL 路径有关

但是我又要问为什么这个函数或找到 DLL 在 ipython 中的行为与 python 不同？

另外，我已经确认我在 Windows 10 Pro Version 2004 上看到了同样的行为。

Answer 1

只需从 3.6.11 指定 python 3.6.12，即可解决特定的导入问题，因此：

conda create -n test36_12_cforge -c conda-forge python=3.6.12 ipython geopandas
(test36_12_cforge) C:\Users\guy.maskall>ipython
Python 3.6.12 |Anaconda, Inc.| (default, Sep  9 2020, 00:29:25) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)]
Type "copyright", "credits" or "license" for more information.

IPython 5.8.0 -- An enhanced Interactive Python.
?         -> Introduction and overview of IPython's features.
%quickref -> Quick reference.
help      -> Python's own help system.
object?   -> Details about 'object', use 'object??' for extra details.

In [1]: import geopandas as gpd

In [2]:
Do you really want to exit ([y]/n)?

(test36_12_cforge) C:\Users\guy.maskall>ipython
Python 3.6.12 |Anaconda, Inc.| (default, Sep  9 2020, 00:29:25) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)]
Type "copyright", "credits" or "license" for more information.

IPython 5.8.0 -- An enhanced Interactive Python.
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In [1]: import fiona

In [2]:
Do you really want to exit ([y]/n)?

我不愿意接受我自己的答案。 对于啤酒，如果我们见面，谁能解释为什么根据导入是从 ipython 还是从 python 完成的行为会存在这种差异？

Windows 上的 IPython 无法导入 geopandas

问题描述

导入 fiona 和 DLL 路径

1 个解决方案

解决方案1
0 已采纳 2020-11-02 17:44:35

Windows 上的 IPython 无法导入 geopandas

问题描述

导入 fiona 和 DLL 路径

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