[英]MPI4PY: Scatter a matrix
我正在使用 MPI4PY 将 n/p 列分散到两个输入数据进程。 但是,我无法按照我的意愿发送列。 为了在最终评论中报告结果,我必须对代码进行哪些更改?
矩阵是:
[1, 2, 3, 4]
[5, 6, 7, 8]
[9, 10, 11, 12]
[13, 14, 15, 16]
然后,n=4 和 p=2。 每个进程将分别有 2 列。
这是我的代码:
# Imports
from mpi4py import MPI
import numpy as np
comm = MPI.COMM_WORLD
size = comm.Get_size()
rank = comm.Get_rank()
rows = 4
num_columns = rows/size
data=None
if rank == 0:
data = np.matrix([[1, 2, 3, 4], [5, 6, 7, 8], [9, 10, 11, 12], [13, 14, 15, 16]])
recvbuf = np.empty((rows, int(num_columns)), dtype='int')
comm.Scatterv(data, recvbuf, root=0)
print('Rank: ',rank, ', recvbuf received:\n ',recvbuf)
我得到以下 output:
Rank: 0 , recvbuf received:
[[1 2]
[3 4]
[5 6]
[7 8]]
Rank: 1 , recvbuf received:
[[ 9 10]
[11 12]
[13 14]
[15 16]]
我想得到以下 output 代替:
Rank: 0 , recvbuf received:
[[1 2]
[5 6]
[9 10]
[13 14]]
Rank: 1 , recvbuf received:
[[ 3 4]
[7 8]
[11 12]
[15 16]]
我认为这段代码可以满足您的需求。 这里的问题是 Scatterv 根本不关心 numpy 数组形状,它只考虑包含您的值的 memory 线性块。 因此,最简单的方法是事先将数据处理成正确的顺序。 请注意, send_data
是一维数组,但这并不重要,因为 Scatterv 不在乎。 在另一端,recvbuf 的形状已经定义,Scatterv 只是从接收到的一维输入中填充它。
# Imports
from mpi4py import MPI
import numpy as np
comm = MPI.COMM_WORLD
size = comm.Get_size()
rank = comm.Get_rank()
rows = 4
num_cols = rows/size
send_data=None
if rank == 0:
data = np.matrix([[1, 2, 3, 4],
[5, 6, 7, 8],
[9, 10, 11, 12],
[13, 14, 15, 16]])
# Split into sub-arrays along required axis
arrs = np.split(data, size, axis=1)
# Flatten the sub-arrays
raveled = [np.ravel(arr) for arr in arrs]
# Join them back up into a 1D array
send_data = np.concatenate(raveled)
recvbuf = np.empty((rows, int(num_cols)), dtype='int')
comm.Scatterv(send_data, recvbuf, root=0)
print('Rank: ',rank, ', recvbuf received:\n ',recvbuf)
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