如何在networkX中创建一个.gephi文件

Question

我无法从 Python 创建一个 .graph 文件，我唯一可以创建的是一个.gexf文件：

networkx.write_gexf(graph, "test.gexf")

它不适用于：

networkx.write_gexf(graph, "test.gephi")

Answer 1

根据networkX 文档。 这个function的要点是：

将 GEXF 格式的 G 写入路径。

G是一个图。

为了获得.gephi文件，我建议使用 Gephi 打开从.gexf获得的 .gexf 并保存为.gephi 。

图片中的步骤（示例）：

1. 将您的图表写为.gexf文件：

some_graph = nx.path_graph(4)
nx.write_gexf(some_graph, "some_graph.gexf")

2. 打开Gephi和 select打开图形文件... ：

3. Select文件>另存为...

4. 接下来，选择文件格式：Gephi 文件 (*.gephi)

要记住的事情：

根据Gephi 快速入门教程：

保存您的项目 [as a.gephi 文件] 将所有数据和结果封装在单个 session 文件中。

.gephi文件格式旨在用作“会话文件”，而不是用作 Gephi 的导入文件。

相反，Gephi 项目创建了一个特定的文件格式（ .gexf ）：

GEXF（Graph Exchange XML 格式）是一种用于描述复杂网络结构、其相关数据和动态的语言。

（在此处查看有关此文件格式的更多信息）

在本质上...

如果您需要/想要将图形保存为文件，请使用其中一种格式。
GEXF 始终是最自由的（允许更多功能）。

但是，如果您需要/想要在使用 Gephi 操作图形后保存 session，请使用.gephi 。

另外，请考虑文件格式大小的差异：

对于我们上面的例子：

• GEFX 格式的原始图形的大小为714 字节。
• 一个空白 session 与以 GEPHI 格式导入的相同 GEFX 图的大小为8722 字节。