Snakemake - 将附加参数传递给输入 function

Question

我正在尝试创建一个采用 TSV 表配置的 Snakemake 工作流程，如下所示：

sample    path
s1    /path/to/s1_dir
s2    /path/to/s2_dir

对于每个示例，我提供了一个目录，我使用工作流程中的各种路径。
我希望能够通过单个输入 function 获得各种输入。 我试过这个：

import pandas as pd

samples = pd.read_table('samples.tsv').set_index("sample", drop=False)

rule all:
    '...'

def get(wildcards, what):
    sample_dir = samples.loc[wildcards.sample, 'path']
    if what == 1:
        return sample_dir + '/sub/' + 'someInput'
    elif what == 2:
        return sample_dir + '/sub2/' + 'otherInput'

rule rule1:
    input:
        get(what=1)
    ...

rule rule2:
    input:
        get(what=2)
    ...

但是，这会导致错误消息，并且根据文档，输入函数可能只需要一个参数（通配符）。 我想一种解决方法是有多个输入函数：

def get1(wildcards):
    sample_dir = samples.loc[wildcards.sample, 'path']
    return sample_dir + '/sub/' + 'someInput'

def get2(wildcards):
    sample_dir = samples.loc[wildcards.sample, 'path']
    return sample_dir + '/sub2/' + 'otherInput'

但是如果我有 10 个不同的输入呢？ 知道怎么做吗？
谢谢！

Answer 1

这就是我会做的。 将您的自定义get与 lambda function 组合起来：

def get(wildcards, what):
    # Do stuff with wildcards and what
    ...

rule one:
    input:
        lambda wc: get(wc, what= 1)

rule two:
    input:
        lambda wc: get(wc, what= 2)