C++ 阵列到 HDF5

Question

我需要将来自两个 float32 arrays 的数据存储在 an.h5 文件中。 arrays 的大小均为 76800 (240x320)，每个都代表一个图像。 我很乐意将两个 arrays 存储在 an.h5 文件中，但由于我是 c++ 的初学者，我不知道该怎么做。

我看了这里，但对于我的情况，似乎不需要转换为多数组。 尽管这看起来是一个非常简单的问题，但我找不到一个简单的代码示例。

到目前为止，这是我的代码：

H5::H5File file("/home/m/Desktop/tryout/file.h5", H5F_ACC_TRUNC);

// Vector X
hsize_t dims_pol[1] = {f->flow_x.size()};
H5::DataSpace dataspace_x(1, dims_pol);
H5::IntType datatype_x(H5::PredType::NATIVE_FLOAT);
H5::DataSet dataset_x(file.createDataSet("p", datatype_x, dataspace_x));
dataset_x.write(f->flow_x.data(), H5::PredType::NATIVE_UINT8);
dataset_x.close();

但是，这只会将一个向量写入文件，另外，我无法在 python （使用熊猫）中打开文件。 但它适用于 h5dump。

谢谢你的帮助

Answer 1

解决问题的一种方法是在 C++ 中使用HDFql ，如下所示：

// declare variables 'arr1' and 'arr2'
float arr1[240][320];
float arr2[240][320];

// populate variable 'arr1' with values

// populate variable 'arr2' with values

// register variable 'arr1' for subsequent usage (by HDFql)
HDFql::variableTransientRegister(&arr1);

// create dataset 'dset1' of data type float (size 240x320) populated with values from 'arr1'
HDFql::execute("create dataset dset1 as float(240, 320) values from memory 0");

// register variable 'arr2' for subsequent usage (by HDFql)
HDFql::variableTransientRegister(&arr2);

// create dataset 'dset2' of data type float (size 240x320) populated with values from 'arr2'
HDFql::execute("create dataset dset2 as float(240, 320) values from memory 0");

更多信息可以在 HDFql参考手册中找到。

Answer 2

我想我找到了解决方案，虽然我对它不太满意，因为 pandas (python) 无法打开它，我必须使用 h5py。

但是，这是我的代码。 如果您看到任何改进，请告诉我。

#include "H5Cpp.h"

H5::H5File file("/home/m/Desktop/tryout/file.h5", H5F_ACC_TRUNC);

// Vector X
hsize_t dims_pol[1] = {f->flow_x.size()};
H5::DataSpace dataspace_x(1, dims_pol);
H5::IntType datatype_x(H5::PredType::NATIVE_FLOAT);
H5::DataSet dataset_x(file.createDataSet("x", datatype_x, dataspace_x));
dataset_x.write(f->flow_x.data(), H5::PredType::NATIVE_FLOAT);
dataset_x.close();

// Vector Y
H5::DataSpace dataspace_y(1, dims_pol);
H5::IntType datatype_y(H5::PredType::NATIVE_FLOAT);
H5::DataSet dataset_y(file.createDataSet("y", datatype_y, dataspace_y));
dataset_y.write(f->flow_y.data(), H5::PredType::NATIVE_FLOAT);
dataset_y.close();